Luận án Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh

Ở Việt Nam, tình trạng ngộ độc thực phẩm xảy ra ở hầu hết các địa phương trong
cả nước. Số ca ngộ độc ngày càng tăng và mức độ nghiêm trọng đáng báo động, số người
ngộ độc thực phẩm dẫn đến tử vong không phải là hiếm. Bộ Y tế (2008) đã tổng hợp
số liệu thống kê của Cục an toàn Vệ sinh thực phẩm trong vòng 8 năm (2000-2007)
cho thấy: nước ta, xảy ra 1.616 vụ ngộ độc thực phẩm làm 41.898 người mắc, 436
người tử vong thì có 178 vụ làm 4.036 người mắc và 7 người tử vong do sử dụng thức
ăn đường phố. Trong số các nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm thì nguyên nhân do
vi sinh vật chiếm tỷ lệ cao nhất (43,20%).
Khi kiểm tra 60 mẫu thịt trên địa bàn Hà Nội năm 2006: Số mẫu không đạt do
nhiễm Salmonella spp. chiếm 30,00% (Đỗ Ngọc Thúy và ctv, 2006). Phạm Hồng
Ngân và ctv (2014) xác định tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. phân lập từ thịt heo ở một số
chợ thuộc huyện Gia Lâm đã cho biết có 56/120 mẫu thịt heo bị nhiễm chiếm tỷ lệ
46,7%. Tỷ lệ này có sự khác nhau giữa các chợ với tỷ lệ dao động từ 30,0-66,7%. Lê
Hữu Nghị và Tăng Mạnh Nhật (2005) đã tiến hành xác định Salmonella trong thịt bò
và heo được lấy tại các lò mổ và bày bán tại chợ Đông Ba, chợ Tây Lộc-Huế và cho
thấy 11/44 mẫu kiểm tra không đạt (25,00%). Công bố khác về tỷ lệ nhiễm
Salmonella spp. ở thân thịt heo là 55,90% và thịt gà là 64,00% (Võ Thị Trà An và
ctv, 2006). Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh đã lấy 1.150 mẫu thịt heo, gà, bò
tươi sống tại các chợ trên địa bàn thành phố để xét nghiệm. Kết quả, 385 mẫu thịt
nhiễm Salmonella spp. Trong đó, tỷ lệ nhiễm trong thịt heo cao nhất gần 40%, thịt gà
hơn 35%, thịt bò gần 31%. Tính trung bình, tỷ lệ thịt động vật tươi sống bày bán tại
các chợ nhiễm Salmonella spp. chiếm tới 32,26% (Trần Thị Thùy Giang và ctv,
2014). Lê Văn Du và Hồ Thị Kim Hoa (2017), với tổng số 150 mẫu thịt kiểm tra thì
phát hiện 40,67% mẫu nhiễm Salmonella. Tỉ lệ nhiễm vi khuẩn này trên thịt heo là
43,75% và gà là 37,14%. Kết quả này cao hơn kết quả khảo sát các mẫu thịt được lấy
tại các cơ sở giết mổ tại thành phố Hồ Chí Minh năm 2014 với tỉ lệ nhiễm Salmonella
spp. trên thịt heo và gà là 31,6%. Tuy nhiên, kết quả khảo sát năm 2014 lại thấp hơn
kết quả khảo sát của nhóm tác giả Nguyễn Thanh Long (2015) trên thịt heo và gà bán
tại các chợ lần lượt là 43,3% và 41,6% 
pdf 145 trang phubao 26/12/2022 1980
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Luận án Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên.

File đính kèm:

  • pdfluan_an_nghien_cuu_tinh_khang_khang_sinh_o_muc_do_phan_tu_cu.pdf
  • pdf1.QD CAP TRUONG NCS VU-20220418160534.pdf
  • pdf2.TB CAP TRUONG NCS VU-20220418160548.pdf
  • pdf4. TOM TAT LATS NCS VU.pdf
  • pdf5.THONG TIN DONG GOP MOI NCS VU-20220418161052.pdf
  • pdf6.TRICH YEU LUAN AN NCS VU-20220418161033.pdf

Nội dung text: Luận án Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh

  1. 24. 58. Doosti A., Mahmoudi E., Jami M. S., Farsani A. M., 2016. Prevalence of aadA1, aadA2, aadB, strA and strB genes and their associations with multidrug resistance phenotype in Salmonella Typhimurium isolated from poultry carcasses. The Thai Journal of Veterinary Medicine. 46(4): 691-697. 59. Eaves D. J., Liebana E., and Piddock L. J. V., 2002. Detection of gyrA mutations in quinolone resistant Salmonella enterica by denaturing high performance liquid chromatography. Journal of Clinical Microbiology. 40(11): 4121-4125. 60. Eaves D. J., Randall L., Gray D. T., Buckley A., Woodward M. J., White A. P. and Piddock L. J. V., 2004. Prevalence of mutations within the quinolone resistance determining region of gyrA, gyrB, parC, and parE and association with antibiotic resistance in quinolone resistant Salmonella enterica. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 48(10): 4012-4015. 61. ECDC. Salmonella the Most Common Cause of Foodborne Outbreaks in the European Union. 2020. Available online: most-common-cause-foodborne-outbreaks-european-union (accessed on 2 March 2020). 62. Elder J. R., Chiok K. L., Paul N. C., Haldorson G., Shah D. H., 2016. The Salmonella pathogenicity island 13 contributes to pathogenesis in streptomycin pretreated mice but not in day-old chickens. Gut Pathogens. 8: 1-16. 63. Endimiani A. C. L., Hujer A. M., 2008. Presence of plasmid-mediated quinolone resistance in Klebsiella pneumoniae isolates possessing BLAKPC in the United States. Antimicrob Agents Chemother. 52(7): 2680-2682. 64. Fluit A. C. and Schmitz F. J., 1999. Class 1 integrons, gen cassettes, mobility, and epidemiology. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 18: 761-770. 65. Fluit A. C. and Schmitz F. J., 2004. Resistance integrons and super integrons. Clinical Microbiology and Infection. 10: 272-288. 66. Folster J. P., Campbell D., Grass J., Brown A. C., Bicknese A., Tolar B., Joseph L. A., Walker C., Whichard J. M., 2015. Identification and characterization of multidrug- resistant Salmonella enterica serotype Albert isolates in the United States. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 59(5): 2774-2779. 67. Folster J. P., Grass J. E., Bicknese A., Taylor J., Friedman C. R., Whichard J. M., 2017. Characterization of resistance genes and plasmids from outbreaks and illness clusters caused by Salmonella resistant to ceftriaxone in the United States, 2011-2012. Microbial 106
  2. 78. Helms M., Ethelberg S., Molbak K., 2005. International Salmonella Typhimurium DT104 infections, 1992-2001. Emerging Infectious Diseases. 11(6): 859-867. 79. Hochhut B., Lotfi Y., Mazel D., Woodgate R., and Waldor M. K., 2001. Molecular analysis of antibiotic resistance gene clusters in Vibrio cholerae O139 and O1 SXT constins. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 45: 2991-3000. 80. Hooper D. C., 1999. Mechanisms of fluroquinolone resistance. Drug Resistance Update. 2: 38-55. 81. Irani M. D., Faghani M., Doosti A., 2018. Study of class 1 to 3 integrons in Salmonella and antimicrobial resistance pattern isolated from broiler chicks. Electronic Journal of Biology. 14(2): 81-86. 82. ISO 6579-1:2017 Microbiology of the food chain-Horizontal method for the detection, enumeration and serotyping of Salmonella-Part 1: Detection of Salmonella spp. 83. ISO/TR 6579-3:2014 Microbiology of the food chain-Horizontal method for the detection, enumeration and serotyping of Salmonella-Part 3: Guidelines for serotyping of Salmonella spp. 84. Jacoby G. A., 2009. Amp C beta-lactamases. Clinical Microbiology Reviews. 22(1): 161-182. 85. Jacobsen A., Hendriksen R. S., Aaresturp F. M., Ussery D. W., Friis C., 2011. The Salmonella enterica pan genome. Microbial Ecology. 62(3): 487- 504. 86. Jacquier H., Zaoui C., Sanson-le Pors M. J., Mazel D., Bercot B., 2009. Tranlation regulation of integrons gene cassette expression by the attC sites. Molecular Microbiology. 72(6):1475-86. 87. Jones L., McIver C., Rawlinson W., 2003. Polymerase chain reaction screening for integrons can be used to complement resistance surveillance programs. Communicable Diseases Intelligence. 27: S103-S110. 88. Kang H. Y., Jeong Y. S., Oh J. Y., Tae S. H., Choi C. H., Moon D. C., Lee W. K., Lee Y. C., Cho D. T., and Lee J. C., 2005. Characterization of antimicrobial resistance and class 1 integrons found in E. coli isolates from humans and animals in Korea. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 55: 639-644. 89. Katoh R., Matsushita S., Shimojima Y., Ishitsuka R., Sadamasu K., Kai A., 2015. Serovars and drug resistance of Salmonella strains isolated from domestic chicken meat in Tokyo (1992-2012). Kansenshogaku Zasshi. 89(1): 46-52. 90. Kaushik M., Kumar S., Kapoor R. K., Gulati P., 2019. Integrons and antibiotic resistance genes in water-borne pathogens: threat detection and risk assessment. Journal of Medical 108
  3. 102. Li Y. C., Pan Z. M., Kang X. L., Geng S. Z., Liu Z. Y., Cai Y. Q., Jiao X. A., 2014. Prevalence, characteristics, and antimicrobial resistance patterns of Salmonella in retail pork in Jiangsu province, eastern China. Journal of Food Protection. 77(2): 236-245. 103. Liu B., Pop M., 2009. ARDB-Antibiotic resistance genes database. Nucleic Acids Research. 37: 443-447. 104. Machado E., Coque T. M., Canton R., Baquero F., Sousa J. C., Peixe L., 2006. Dissemination in Portugal of CTX-M-15, OXA-1, and TEM-1- producing Enterobacteriaceae strains containing the aac(6’)-Ib-cr gene, which encodes aminoglycoside and fluoroquinolone-modifying enzyme. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 50: 3220-3221. 105. Madsen L., Aarestrup F. M., Olsen J. E., 2000. Characterisation of streptomycin resistance determinants in Danish isolates of Salmonella Typhimurium. Veterinary Microbiology. 75(1): 73-82. 106. Mascaretti O. A., 2003. Bacteria versus antibacterial agents. mBio. United States. 107. Martinez-Martinez L., Pascual A., Garcia I., Tran J., Jacoby G. A., 2003. Interaction of plasmid and host quinolone resistance. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 51: 1037-1039. 108. Martiny A. C., Martiny J. B. H., Weihe C., Field A., Ellis J. C., 2011. Functional metagenomics reveals previously unrecognized diversity of antibiotic resistance genes in gulls. Frontiers in Microbiology. 2(238): 1-11. 109. McDermott P. F., Tyson G. H., Kabera C., Folster J. P., Ayers S. L., Lam C., Tate H. P., Zhao S., 2016. Whole genome sequencing for detecting antimicrobial resistance in nontyphoidal Salmonella. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 60(9): 5515-5520. 110. Mihaiu L., Lapusan A., Tanasuica R., Sobolu R., Mihaiu R., Oniga O., Mihaiu M., 2014. First study of Salmonella in meat in Romania. Journal of Infection in Developing Countries. 8(1):50-58. 111. Moe A. Z., Paulsen P., Pichpol D., Fries R., Irsigler H., Baumann M. P. O., 2017. Prevalence and antimicrobial resistance of Salmonella isolates from chicken carcasses in retail markets in Yangon, Myanmar. Journal of Food Protection. 80(6): 947-951. 112. Mollenkopf D. F., Mathys D. A., Dargatz D. A., Habing G. G., Daniels J. B., Wittum T. E., 2017. Genotypic and epidemiologic characterization of extended-spectrum cephalosporin resistant Salmonella enterica from US beef feedlots. Preventive Veterinary Medicine. 146(1): 143-149. 113. Monthon L., Suparat S., Kumchai T., 2013. Antimicrobial resistance in Salmonella 110
  4. ceftazidime-hydrolysing extended-spectrum β-lactamase CTX-M-15 and of its structurally related β-lactamase CTX-M-3. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 50: 1031-1034. 124. Quinn P. J., Carter M. E., Makey B. K., Carter G. R., 2002. Clinical Veterinary Microbiology. Wolfe Pulishing, London WC1 H9LB. 125. Quoc P. L., Shuhei U., Thi N. H. N., Thi V. K. D., Thi A. V. H., Thi T. N. T., Itaru H., Tatsuya N., Ryuji K., Thai H. D., Quang M. V., and Yoshimasa Y., 2015. Characteristics of extended-spectrum β-Lactamase producing Escherichia coli in retail meats and shrimp at a local market in Vietnam. Foodborne Pathogens and Disease. 12(8): 719-725. 126. Recchia G. D. and Hall R. M., 1995. Gen cassettes: A new class of mobile element. Microbiology. 141: 3015-3027. 127. Rijavec M., Erjavec M., Avgustin J. , 2006. High prevalence of multidrug resistance and random distribution of mobile genetic elements among uropathogenic E. coli (UPEC) of the four major phylogenetic groups. Current Microbiology. 53(2): 158-162. 128. Roberts M. C., 2005. Update on aquired tetracycline resistance gene. FEMS Microbiology Letters. 245: 195-203. 129. Rodríguez I., Rodicio M.R., Mendoza M. C. and Martın M.C., 2006. Large conjugative plasmids from clinical strains of Salmonella enterica serovar Virchow contain a class 2 integron in addition to class 1 integrons and several non integron associated drug resistance determinants. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 50: 1603-1607. 130. Roland K. L., Martin L. E., Esther C. R., Spitznagel J. K., 1993. Spontaneous pmrA mutants of Salmonella typhimurium LT2 define a new two component regulatory system with a possible role in virulence. Journal of Bacteriology. 175: 4154-4164. 131. Rowe-Magnus D. A. and Mazel D., 2002. Resistance gene capture. Current Opinion in Microbiology. 2: 483-488. 132. Saenz Y. L., Brinas E., Dominguez J., Ruiz M., Zarazaga J. V. and Torres C., 2004. Mechanisms of resistance in multiple antibiotic resistant E. coli strains of human, Animal, and food origins. Antimicrobial Agents and Chemmotherapy. 48: 3996-4001. 133. Schoder D., Strauß A., Szakmary-Brändle K., Stessl B., Schlager S., Wagner M., 2014. Prevalence of major foodborne pathogens in food confiscated from air passenger luggage. International Journal of Food Microbiology. 401-402. 134. Sjölund-Karlsson M., Howie R., Krueger A., Rickert R., Pecic G., Lupoli K., 2011. CTX- M-producing non-Typhi Salmonella spp. isolated from humans, United States. Emerging Infectious Diseases. 17: 97-99. 112
  5. 146. Wannaprasat W., Padungtod P., Chuanchuen R., 2011. Class 1 integrons and virulence genes in Salmonella enterica isolates from pork and humans. International Journal of Antimicrobial Agents. 37: 457-461. 147. Wassenaar T. M., Jun S. R., Wanchai V., Patumcharoenpol P., Nookaew I., Schlum K., Leuze M. R. and Ussery D. W., 2017. Insights from comparative genomics of the genus Salmonella. DOI: 10.5772/67131. 148. White P. A., McIver C. J., and Rawlinson W. D., 2001. Integrons and gene cassettes in the Enterobacteriaceae. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 45: 2658-2661. 149. WHO (World Health Organization), 2016, 2017. Critically important antimicrobials for human medicine. 150. Wold B., Myers R. M., 2008. Sequence census methods for functional genomics. Nature Methods. 5(1): 19-21. 151. Wong V. K., Baker S., Parkhill J., 2015. Phylogeographical analysis of the dominant multidrug-resistant H58 clade of Salmonella Typhi identifies inter and intracontinental transmission events. Nature Genetics. 47(6): 632-639. 152. Yang B., Qu D., Zhang X., Xi M., Sheng M., Zhi S., Meng J., 2010. Prevalence and characterization of Salmonella serovars in retail meats of marketplace in Shaanxi, China. International Journal of Food Microbiology. 141: 63-72. 153. Yang H., Byelashov O. A., Geornaras I., Goodridge L. D., Nightingale K. K., Belk K. E., Smith G. C., and Sofos J. N., 2010. Characterization and transferability of class 1 integrons in commensal bacteria isolated from farm and nonfarm environments. Foodborne Pathogens and Disease. 7: 1441-1451. 154. Zankari E., Hasman H., Kaas R. S., Seyfarth A. M., Agerso Y., Lund O., Larsen M. V., Aarestrup F. M., 2013. Genotyping using whole genome sequencing is a realistic alternative to surveillance based on phenotypic antimicrobial susceptibility testing. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 68(4): 771-777. 155. Zou W., Frye J. G., Chang C. W., Liu J., Nayak R., 2009. Microarray analysis of antimicrobial resistance genes in Salmonella enterica from preharvest poultry environment. Journal of Applied Microbiology. 107(3): 906-914. 156. Xu Z., Li L., Shi L., Shirtliff M. E., 2011. Class 1 integron in Staphylococci. Molecular Biology Reports. 38(8): 5261-5279. 114
  6. A3. Thành phần môi trường BHI và Mueller Hinton Tên môi Hàm lượng Thành phần Ghi chú trường (g/l) Sản phẩm thủy phân từ mô tế bào động 10,0 vật bằng enzym Bột não bê 12,5 pH Canh thang Bột tim bò 5,0 7,4±0,2 BHI Glucose 2,0 ở 25oC Natri clorua 5,0 Dinatri hydrophosphat, khan (Na2HPO4) 2,5 Dịch thủy phân mô động vật bằng enzym 300,0 pH Mueller- Dịch thủy phân casein bằng enzym 17,5 7,3±0,1 Hinton Tinh bột, có thể hòa tan 1,5 ở 25oC Thạch 17,0 A4. Môi trường thử nghiệm sinh hóa * Thạch TSI (Triple Sugar Iron Agar) Cấy ria trên bề mặt nghiêng của thạch và cấy đâm sâu xuống đáy. Ủ ở 37oC trong (24±3) giờ. Diễn giải các thay đổi trong môi trường như sau: a) Cấy đâm sâu - màu vàng glucose dương tính (lên men glucose) - màu đỏ hoặc không đổi màu glucose âm tính (không lên men glucose) - màu đen sinh hydro sulfid - bọt khí hoặc nứt thạch sinh khí từ glucose b) Bề mặt nghiêng của thạch lactose và/hoặc sucrose dương tính (lên men lactose và/hoặc - màu vàng sucrose) - màu đỏ hoặc lactose và sucrose âm tính (không lên men lactose hoặc sucrose) không đổi màu Phần lớn các chủng cấy Salmonella điển hình thể hiện tính kiềm (màu đỏ) trên bề mặt nghiêng của thạch và tính axit (màu vàng) có sinh khí (bọt khí), (với khoảng 90% trường hợp) sinh hydro sunfua (thạch bị đen) khi cấy đâm sâu. * Thạch urê
  7. A7. Quy trình xác định typ huyết thanh chủng phân lập Salmonella spp. bằng cách ngưng kết với các kháng huyết thanh OMA và OMB đa giá Bước 1 Sử dụng các 1.1 OMA 1.2 OMB Phân tích kháng huyết Nếu dương tính: bước 2.1.1 Nếu dương tính: bước 2.2.1 kháng thanh đa giá Nếu âm tính: sang bước 1.2 Nếu âm tính: xem chú thích a nguyên-O 2.1.1 O:4,5 hoặc nhóm B Sử dụng các Nếu dương tính: bước 3.1.1 nhóm Nếu âm tính: bước 2.1.2 2.2.1 O:6,7,8 hoặc nhóm C kháng huyết 2.1.2 O:9 hoặc nhóm D Nếu dương tính: bước 3.2.1 Bước 2 thanh đặc Nếu dương tính: bước 3.1.2 Nếu âm tính: bước 2.2.2 Phân tích hiệu-dùng Nếu âm tính: bước 2.1.3 2.2.2 O:13.22,23 hoặc O:13 kháng cho một 2.1.3 O:3,10,15 hoặc nhóm E Nếu dương tính: bước 3.2.2 nguyên-O chủng phân Nếu dương tính: bước 3.1.3 Nếu âm tính: bước 2.2.3 lập đối với Nếu âm tính: bước 2.1.4 2.2.3 O:11 nhóm huyết 2.1.4 O:21 hoặc nhóm L thanhb Nếu âm tính: bước 2.1.5 2.1.5 O:1,2 hoặc nhóm A 3.2.1 Chủng phân lập nhóm 3.1.1 Chủng phân lập nhóm B: Sử dụng các C O:5, O:27 kháng huyết O:7 đối với nhóm C 3.1.2 Chủng phân lập nhóm D: 1 Bước 3 thanh đơn O:8, O:6 , O:20 đối với O:46 đối với nhóm D 1 Phân tích giá - nhận 2 nhóm C O:27 đối với nhóm D 2-3 kháng biết serovar 3 O:14, O:24, O:25 đối với 3.1.3 Chủng phân lập nhóm E: nguyên-O kháng nhóm H O:10, O:15, O:34 đối với nguyên-O 3.2.2 Chủng phân lập nhóm nhóm E đặc hiệu 1 G O:19 đối với nhóm E 4 O:22, O:23 Sử dụng các H đa giá (pha 1 và pha 2) kháng huyết H đa giá (pha 2) thanh đa giá H:1(1,2) → (H:2, H:5, H:6, H:7)d Bước 4 H:a, H:b, H:c, H:d, Phân tích H:E→(H:h, H:n, H:x, Hz )d Sử dụng các 15 kháng H:G(g.m) → (H:f, H:g, H:m; H:p, H:q H:s, H:t, H:u]d kháng huyết nguyên lông H:i, H:k. thanh đơn H:L→(H:v, H:w, H:l,z , H:l,z )d giá 13 28 H:y H:z, H:Z4→ (H:z23, H:z24, H:z32)d H:z6, H:z10, H:z29, H:z35, v.v
  8. PHỤ LỤC B: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN B1. Hình ảnh kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp. B2. Kiểu hình kháng kháng sinh chung của các chủng Salmonella spp. Số lượng Số Tỷ lệ Kiểu hình kháng kháng sinh kháng sinh chủng (%) kháng AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 10 03 3,19 AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 03 3,19 09 CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 01 1,06 AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE 02 2,13 AMC, AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE 01 1,06 08 AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT 01 1,06 AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE, SXT 01 1,06 AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE 01 1,06 AMC, AMP, CAZ, C, STR, TE, SXT 01 1,06 07 AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT 06 6,38 AMP, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT 01 1,06 AMP, CIP, GM, STR, TE, SXT 01 1,06 AMP, C, NA, STR, TE, SXT 04 4,26 AMP, C, NA, CIP, OFX, SXT 06 01 1,06 AMP, C, NA, GM, STR, TE 01 1,06 AMP, C, NA, CIP, STR, TE 01 1,06 AMP, C, NA, STR, TE 02 2,13 AMP, C, STR, TE, SXT 04 4,26 AMP, C, NA, STR, SXT 05 01 1,06 AMP, GM, STR, TE, SXT 02 2,13 AMP, C, NA, TE, SXT 01 1,06
  9. 01 AMC, TE 01 STR, TE 01 TE, SXT 01 GM 01 CAZ 01 AMP 04 TE 01 C 02 AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 02 AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT 01 AMC, AMP, CAZ, C, STR, TE, SXT 01 AMP, C, NA, GM, STR, TE 02 AMP, C, NA, STR, TE, SXT 01 AMP, C, NA, CIP, OFX, SXT 01 AMP, C, NA, STR, SXT 02 AMP, C, STR, TE, SXT 01 GM, STR, TE, SXT 01 AMP, C, NA, SXT Thịt gà (36) 03 AMP, C, TE, SXT 02 AMP, C, STR, TE 01 AMP, C, NA, SXT 01 AMP, STR, TE, SXT 01 AMP, STR, TE 01 C, STR, TE 01 C, TE, SXT 01 STR, TE, SXT 02 STR, TE 01 C 01 AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE, SXT 01 AMP, C, STR, TE, SXT 01 AMP, GM, STR, TE, SXT Thịt bò (18) 01 AMP, STR, TE 02 STR, TE 01 TE 01 AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 03 AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT 01 AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT 02 AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE Cá tươi (43) 01 AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT 01 AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE 01 AMP, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT 03 AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT
  10. B4. Mức độ kháng từng loại kháng sinh của các serovar Kháng sinh Serovar Ký hiệu AMC AMP CAZ C NA CIP OFX GM STR TE SXT 11/19 3497 R R S R R R R S R R S 11/19 3514 S R S R R R R R R R R 12/19 501 S R S R R R R R R R R 12/19 1600 S R R R R R R R R R R S. Kentucky 02/20 1524 S R S R R R R R R R S 07/20 1066 S R R R R R R R R R R 07/20 1067 S R R R R R R R R R R 08/20 2058 S R S R R R R R R R S S. Indiana 11/19 4221 S I R R R R R R R R R 06/20 1809 S R S R R R I R R R S 12/19 1584 S R S R R S S R R R R S. Infantis 07/20 3335 S R S R R R R I R R R 05/20 210 S R S R R S S R R R R 11/19 3498 R R R R I S S S R R R S. Agona 06/20 1808 S R S R R S S R R R R S. Saintpaul 11/19 3515 S R S R R R I R R R R S. Braenderup 11/19 4205 S R S R R S S R R R R 01/20 66 S R S I R R I R R R R S. Potsdam 05/20 1114 I R S R R I I R R R R a OMF:1,z6:UT 07/20 460 S R S R R R R R R R R a 7:1,z6:UT 07/20 462 S R S R R S S R R R R
  11. B7. Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp các contigs của SA11/19 3497 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp. enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B8. Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp các contigs của SA12/19 1600 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp. enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome)
  12. B11. Các vùng integron được xác định của SA12/19 3497 ID_integron Contigs Pos_beg Pos_end Strand Type Annotation integron_01 17 6963 7310 -1 protein emrE integron_01 17 7413 7472 -1 attC attC integron_01 17 7474 8271 -1 protein ANT3 integron_01 17 8275 8352 -1 attC attC integron_01 17 8347 8721 -1 protein AAC3-I Vị trí integron trên contig 17 B12. Các vùng integron được xác định của SA12/19 1600 ID_integron Contigs Pos_beg Pos_end Strand Type Annotation integron_01 20 8813 9160 -1 protein emrE integron_01 20 9263 9322 -1 attC attC integron_01 20 9324 10121 -1 protein ANT3 integron_01 20 10125 10202 -1 attC attC integron_01 20 10197 10571 -1 protein AAC3-I integron_01 39 43 102 -1 attC attC integron_01 39 90 911 -1 protein protein integron_01 39 982 1041 -1 attC attC integron_01 39 1043 2053 -1 protein ANT3 integron_01 40 237 719 1 protein protein integron_01 40 714 799 1 attC attC integron_01 40 830 1282 1 protein protein integron_01 40 1134 1234 1 attC attC integron_01 40 1289 1402 1 attC attC
  13. integron_01 37 1971 2030 1 attC attC integron_01 38 237 719 1 protein protein integron_01 38 714 799 1 attC attC integron_01 38 830 1282 1 protein protein integron_01 38 1134 1234 1 attC attC integron_01 38 1289 1402 1 attC attC Vị trí integron trên contig 19 Vị trí integron trên contig 37 Vị trí integron trên contig 38