Luận án Nghiên cứu tạo chủng Virus PRRS (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome) nhược độc và đánh giá khả năng làm giống phục vụ sản xuất Vaccine
Khái niệm: Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn do virus thuộc họ
Arteriviridae gây ra. Lợn bị nhiễm virus này có biểu hiện rối loạn hô hấp và sinh
sản trên mọi lứa tuổi với các triệu chứng chủ yếu là bỏ ăn hàng loạt, hắt hơi, sổ mũi,
tăng tần số hô hấp, thở khó, lợn con thường có tỷ lệ chết cao, lợn trưởng thành tỷ lệ
chết thấp hơn nhưng thường bị đồng nhiễm thêm các loại vi khuẩn gây bệnh khác,
đặc biệt là vi khuẩn gây bệnh ở hệ hô hấp.
Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn được ghi nhận vào năm 1987 ở
Mỹ tại vùng bắc của bang California, bang Iowa và Minnesota. Năm 1988 bệnh lan
sang Canada. Sau đó bệnh xuất hiện ở Đức năm 1990; Hà Lan, Tây Ban Nha, Bỉ và
Anh năm 1991 và ở Pháp năm 1992 (Benfield D et al., 1999).
Từ khi xuất hiện đến nay, bệnh đã được gọi với nhiều tên khác nhau. Thời
gian đầu do chưa xác định được nguyên nhân nên gọi bệnh này là Bệnh bí hiểm ở
lợn (MDS). Một số tác giả khác căn cứ vào bệnh tích ở tai gọi tên bệnh Tai xanh
(BED) hoặc căn cứ vào các đặc điểm trên lợn mắc virus PRRS như sảy thai, đẻ non,
chết non, sức sống yếu ớt, tỷ lệ chết của lợn con cao và rối loạn hô hấp trên đàn lợn
(Keffaber, 1989; Loula, 1991) gọi tên là Hội chứng hô hấp và sảy thai ở lợn
(PEARS). Đến năm 1992, tại Hội nghị Quốc tế tổ chức tại Minesota (Mỹ), tổ chức
Thú y thế giới (OIE) đã thống nhất tên là Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn
(Porcine respiratory and reproductive syndrome-PRRS), đây là tên gọi chính thức
của bệnh. Hàng năm ước tính chi phí ngành công nghiệp chăn nuôi lợn ở Mỹ là 560
triệu USD cho PRRS (Neumann et al., 2005)
Arteriviridae gây ra. Lợn bị nhiễm virus này có biểu hiện rối loạn hô hấp và sinh
sản trên mọi lứa tuổi với các triệu chứng chủ yếu là bỏ ăn hàng loạt, hắt hơi, sổ mũi,
tăng tần số hô hấp, thở khó, lợn con thường có tỷ lệ chết cao, lợn trưởng thành tỷ lệ
chết thấp hơn nhưng thường bị đồng nhiễm thêm các loại vi khuẩn gây bệnh khác,
đặc biệt là vi khuẩn gây bệnh ở hệ hô hấp.
Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn được ghi nhận vào năm 1987 ở
Mỹ tại vùng bắc của bang California, bang Iowa và Minnesota. Năm 1988 bệnh lan
sang Canada. Sau đó bệnh xuất hiện ở Đức năm 1990; Hà Lan, Tây Ban Nha, Bỉ và
Anh năm 1991 và ở Pháp năm 1992 (Benfield D et al., 1999).
Từ khi xuất hiện đến nay, bệnh đã được gọi với nhiều tên khác nhau. Thời
gian đầu do chưa xác định được nguyên nhân nên gọi bệnh này là Bệnh bí hiểm ở
lợn (MDS). Một số tác giả khác căn cứ vào bệnh tích ở tai gọi tên bệnh Tai xanh
(BED) hoặc căn cứ vào các đặc điểm trên lợn mắc virus PRRS như sảy thai, đẻ non,
chết non, sức sống yếu ớt, tỷ lệ chết của lợn con cao và rối loạn hô hấp trên đàn lợn
(Keffaber, 1989; Loula, 1991) gọi tên là Hội chứng hô hấp và sảy thai ở lợn
(PEARS). Đến năm 1992, tại Hội nghị Quốc tế tổ chức tại Minesota (Mỹ), tổ chức
Thú y thế giới (OIE) đã thống nhất tên là Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn
(Porcine respiratory and reproductive syndrome-PRRS), đây là tên gọi chính thức
của bệnh. Hàng năm ước tính chi phí ngành công nghiệp chăn nuôi lợn ở Mỹ là 560
triệu USD cho PRRS (Neumann et al., 2005)
179 trang
24/12/2022
1920
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Luận án Nghiên cứu tạo chủng Virus PRRS (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome) nhược độc và đánh giá khả năng làm giống phục vụ sản xuất Vaccine", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên.
File đính kèm:
- luan_an_nghien_cuu_tao_chung_virus_prrs_porcine_reproductive.pdf
- CV gửi cục CNTT.pdf
Thong tin LA.NCS N.T.Nga dua len Web chinh thuc.doc- Tom tắt LA NCS N.T.Nga 24 tr cấp NN in.doc
Nội dung text: Luận án Nghiên cứu tạo chủng Virus PRRS (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome) nhược độc và đánh giá khả năng làm giống phục vụ sản xuất Vaccine
- 14PL 2461 cgcgacccgt gctgccgagc gggctcgacg agcttaaaga ccagatggag gaggatctgc 2521 tacaactaac caacacccag gcgacttcag aaatgatggc ctgggcggct gagcaggtcg 2581 atttaaaagc ttgggtcaaa agctacccgc ggtggacacc accaccccct ccaccaagag 2641 ttcaacctag aagaacaaag tctgtcaaaa gcttgccaga gggcaagcct gtccctgctc 2701 cgcgcaggaa ggtcagatcc gattgcggca gcccggtttt gatgggcgac aatgtcccta 2761 acggttcgga agaaactgtc ggtggtcccc tcaattttcc gacaccatcc gagccgatga 2821 cacctatgag tgagcccgta cttgtgcccg cgtcgcgacg tgtccccaag ctgatgacac 2881 ctttgagtgg gtcggcacca gttcctgcac cgcgtagaac tgtgacaaca acgctgacgc 2941 accaggatga gcctctggat ttgtctgtgt cctcacagac ggaatatgag gctttccccc 3001 tagcaccatc gcagaacatg ggcatcctgg aggcgagggg gcaagaagtt gagggagtcc 3061 tgagtgaaat ctcggatata ctaaatgaca ccaaccctgc acctgtgtca tcaagcagct 3121 ccctgtcaag tgttaagatc acacgcccaa aatactcagc tcaagccatc atcgactctg 3181 gcgggccttg cagtgggcat ctccaaaagg aaaaagaagc atgcctcagc atcatgcgtg 3241 aggcttgtga tgcgtccaag cttggtgatc ctgctacgca ggagtggctc tctcgcatgt 3301 gggatagggt tgacatgctg acttggcgca acacgtctgc ttaccaggcg tttcgcatct 3361 taaatggcat gtttgagttt ctcccaaaga tgattctcga gacaccgccg ccccacccgt 3421 gcgggtttgt gatgttacct cgcacgcctg caccttccgt gagtgcagag agtgacctca 3481 ccattggttc agtggccacc gaggatgttc cacgcatcct cgggaaaata ggagacactg 3541 acgagctgct tgaccggggt ccctcggctc cctccaaggg agaaccggtc tgtgaccaac 3601 ctgccaaaga tccccggatg tcgccacggg agtctgacga gagcatgata gctccgcccg 3661 cagatacagg tggtgtcggc tcattcactg atttgccgtc ttcagatggt gtggatgtgg 3721 acgggggggg gccgttaaga acggtaaaaa caaaagcagg aaggctctta gaccaactga 3781 gctgccaggt ttttagcctc gtttcccatc tccctatttt cttctcacac ctcttcaaat 3841 ctgacagtgg ttattctccg ggtgattggg gttttgcagc ttttactcta ttttgcctct 3901 ttctatgtta cagttaccca ttcttcggtt ttgctcccct cttgggtgta ttttctgggt 3961 cttctcggcg tgtgcgaatg ggggtttttg gctgctggtt ggcttttgct gttggtctgt 4021 tcaagcctgt gtccgaccca gtcggcactg cttgtgagtt tgactcgcca gagtgtagga 4081 acgtccttca ttcttttgag cttctcaaac cttgggaccc tgtccgcagc cttgttgtgg 4141 gccccgtcgg tctcggcctt gccattcttg gcaggttact gggcggggca cgctacatct 4201 ggcacttttt gcttaggctt ggcattgttg cagactgtat cttggctgga gcttatgtgc 4261 tttctcaagg taggtgtaaa aagtgctggg gatcttgtgt aagaactgct cctaatgaga 4321 tcgccttcaa cgtgttccct tttacacgtg cgaccaggtt gtcactcatc gacctgtgcg 4381 atcggttctg cgcaccaaaa ggcatggacc ccatttttct cgccactggg tggcgtgggt 4441 gctggaccgg ccggagtccc attgagcaac cttctgaaaa acccatcgcg ttcgcccagc 4501 tggatgagaa gaggattacg gctagaactg tggtcactca gccttatgat cccaaccagg 4561 ccgtaaagtg cttgcgggta ttacaggcgg gcggggcgat ggtggccgag gcagtcccaa 4621 aagtggtcaa agtttccgcc attccattcc gagctccttt ctttcccgct ggagtgaaag 4681 ttgatcctga gtgcagaatc gtggttgatc ccgatacttt tactacagcc ctccggtctg 4741 gctattccac cgcgaacctc gtccttggta cgggggactt tgcccagctg aatggactaa 4801 agatcaggca aatttccaag ccttcagggg gaggcccaca cctcattgct gccttgcatg 4861 ttgcctgctc gatggcgtta cacatgcttg ctggtgttta tgtaactgca gtggggtcct 4921 gcggtaccgg tactaacgat ccgtggtgca ctaacccgtt tgccgtccct ggctacggac 4981 ctggctctct ttgcacgtct agattgtgca tctcccaaca cggcctcacc ttgcccttga 5041 cagcacttgt ggcgggattc ggccttcaag atattgcctt ggtcgttttg atttttgtct 5101 ccatcggagg catggctcat aggttgagtt gtaaggctga catgttgtgc atcttactcg 5161 caatcgctag ttatgtttgg gtacctctta cctggttgct ttgtgtgttt ccttgttggt 5221 tgcgctggtt ctctttgcac cccctcacca tcctgtggtt ggtgtttttc ttgatttctg 5281 taaatatacc ctcgggaatc ttggccgtgg tgttattggt ttctctctgg cttctaggtc 5341 gttatactaa cattgctggt ctcgtcaccc cctatgacat tcatcattac accagtggcc 5401 cccgcggtgt tgccgccttg gccaccgcac cagatggaac ctacttggct gccgtccgcc 5461 gtgctgcgct gactggtcgt accatgctgt tcaccccgtc tcagctcggg tccctccttg 5521 agggcgcttt cagaactcaa aagccctcac tgaacaccgt caatgtggtc gggtcctcca 5581 tgggctctgg cggagtgttc actattgacg ggaaaatcaa gtgcgtgact gccgcacatg 5641 tccttacggg taactcagct agggtttccg gggtcggctt caatcaaatg cttgactttg 5701 atgtaaaagg ggacttcgcc atagctgatt gcccgaattg gcaaggggtt gctcccaagg 5761 cccagttctg cgaggatggg tggactggtc gcgcctattg gctgacatcc tctggcgttg 5821 aacccggtgt tattgggaat gggttcgcct tctgcttcac cgcgtgtggc gattctggat 5881 ccccagtgat taccgaagcc ggtgagcttg tcggcgttca cacaggatca aacaaacaag 5941 gaggaggcat tgtcacgcgc ccctcaggcc agttttgtaa tgtgaagccc atcaagctga 6001 gcgagttgag tgaattcttc gctggaccta aggtcccgct cggtgatgtg aaaattggca 6061 gtcacataat taaagacaca tgcgaggtgc cttcagatct ttgtgccctg cttgctgcca 6121 aacccgaact ggaaggaggc ctttccacag ttcaacttct gtgtgtgttt ttcctcctgt 6181 ggagaatgat ggggcatgcc tggacgccct tggttgctgt ggggtttttc atcctgaatg 6241 agattctccc agctgtcctg gtccggagtg ttttctcctt tgggatgttt gtgctatctt 6301 ggctcacacc atggtctgcg caagtcctga tgatcaggct tctgacagca gcccttaaca
- 16PL 10261 cctaggggac ttcaaacaac tccaccctgt gggttttgac tcccattgct atgtatttga 10321 catcatgcct cagacccaat taaagaccat ctggaggttc gggcagaata tctgtgatgc 10381 cattcaacca gattacaggg acaaacttat gtccatggtc aacacgaccc gtgtgaccta 10441 cgtggaaaaa cctgtcaggt atgggcaagt cctcaccccc taccacaggg accgagagga 10501 cggcgccatt actatcgact ccagtcaagg cgccacattt gatgtggtta cactgcattt 10561 gcccactaaa gattcactca acaggcaaag agctcttgtt gctatcacca gggcaagaca 10621 tgctatcttc gtgtatgacc cacacaggca attgcagagc atgtttgatc tccccgcgaa 10681 aggcacaccc gtcaacctca cagtgcaccg tgacgaacag ctgatcgtat tagacagaaa 10741 caacagagaa atcacggttg ctcaggctct aggcaatgga gataaattca gggccacaga 10801 taagcgcgtt gtagattctc tccgcgctat ttgcgcagac ctggaagggt cgagctcccc 10861 gctccccaag gtcgcgcata acttgggatt ctatttctca cctgatttga ctcagtttgc 10921 taaactcccg gcagaacttg caccccactg gcccgtggtg acaacccaga acaatgaaag 10981 gtggccagat cggttggtag ccagccttcg ccctatccat aaatatagcc gcgcgtgcat 11041 tggtgccggc tatatggtgg gcccctcggt gtttttaggc acccctgggg ttgtgtcata 11101 ctatctcaca aaatttgtta gaggcgaggc tcaagtgctt ccggagacag tcttcagcac 11161 cggccgaatt gaggtagatt gtcgagagta tcttgatgat cgggagcgag aagttgctga 11221 gtccctccca catgccttca tcggcgatgt caaaggtacc accgttgggg gatgtcatca 11281 cgttacctcc aaataccttc cgcgcttcct tcccaaggaa tcagttgcgg tggtcggggt 11341 ttcgagcccc gggaaagccg cgaaagcagt ttgtacattg acggatgtgt acctcccaga 11401 ccttgaagcg tacctccacc cagagaccca gtccaggtgc tggaaagtga tgttggactt 11461 taaggaggtt cgactgatgg tatggaaaga caagacggcc tattttcaac ttgaaggccg 11521 ccattttacc tggtatcaac ttgcaagcta cgcctcatac atccgagttc ctgttaattc 11581 tactgtgtac ttggacccct gcatgggccc tgctctttgc aacagaaggg ttgtcgggtc 11641 cacccattgg ggagctgacc tcgcagtcac cccttatgat tacggtgcca aaattattct 11701 gtctagtgca taccatggtg aaatgcctcc aggttacaaa attctggcgt gcgcggagtt 11761 ctcgcttgat gatccagtaa ggtacaaaca cacctgggga tttgaatcgg atacagcgta 11821 tctgtacgag tttactggaa atggtgagga ctgggaggat tacaatgatg cgtttcgggc 11881 gcgccagaaa gggaaaattt ataaagctaa tgccaccagc atgaggtttc attttccccc 11941 gggccctgtc attgaaccaa ctttaggcct gaattgaaat gaaatggggt ctatgcaaag 12001 cctctttcac aaaattggcc aactttttgt ggatgctttc acggagtttc tggtgtccat 12061 tgttgatatc atcatatttt tggccatttt gtttggcttc acaattgccg gttggctggt 12121 ggtcttttgc atcagactgg tttgctccgc ggtactccgt gcgcgctcta ccgttcaccc 12181 tgagcaatta cagaagatct tatgaggcct ttctttctca gtgtcaggtg gacattccca 12241 cctggggcgt caaacaccct ttgggggtgc tttggcacca taaggtgtca accctgattg 12301 atgaaatggt gtcgcgtcga atgtaccgcg tcatggaaaa agcagggcag gctgcctgga 12361 aacaggtggt gagcgaagct acattgtctc gcatcagtgg tttggatgtg gtggctcact 12421 ttcaacatct tgccgctatt gaagccgaga cttgtaaata tttggcttcc cggctaccca 12481 tgctgcacaa cctgcgcttg acagggtcaa atgtaaccat agtgtataat agtactttgg 12541 atcaggtgtt tgccattttc ccaacccctg gttcccggcc aaagcttaat gattttcagc 12601 aatggctaat agctgtacat tcctccatat tttcctccgt tgcagcttct tgtactcttt 12661 ttgttgtgct gtggttgcga attccaatgc tacgttctgt ttttggtttc cgctggttag 12721 gggcaacttc tcttttgaac tcatggtgaa ttacacggta tgcccgcttt gcccaacccg 12781 gcaggcagcc gctgagatcc ttgaacccgg caagtctttt tggtgcagga tagggcatga 12841 ccgatgtagt gagaacgatc atgacgaact agggttcatg gttccgcctg gcctctccag 12901 cgaaggccac ttgaccagtg tttacgcctg gttggcgttc ctgtccttca gctacacggc 12961 ccagttccat cccgagatat ttgggatagg gaatgtgagt caagtttatg ttgacatcaa 13021 gcaccaattc atctgcgctg ttcacgacgg ggataacgcc accttgcctc gccatgacaa 13081 tatttcagcc gtatttcaga cctactacca acaccaggtc gacggcggca attggtttca 13141 cctggaatgg ctgcgtcctt tcttttcctc ttggttggtt ttaaatgttt cgtggtttct 13201 caggcgttcg cctgcaagcc atgtttcagt tcgagtcttt cggacatcaa aaccaacacc 13261 accgcagcat caggcttcgt tgtcctccag gacatcagct gccttaggca tggcgactcg 13321 tcctctccga caattcgcaa aagttctcag tgccgcacgg cgatagggac gcccgtgtac 13381 atcaccatca ctgccaatgt cacagatgaa aattatctac attcttctga tctcctcatg 13441 ctttcttctt gccttttcta tgcttccgag atgagtgaaa agggattcaa agtggtgttt 13501 ggcaatgtgt caggcgtcgt ggctgtgtgc gtcaacttta ccagctacgt ccaacacgtc 13561 aaggagttta cccaacgctc cttagtggtc gatcatgtgc gactgcttca tttcatgaca 13621 cctgagacca tgaggtgggc aaccgtttta gcctgtcttt ttgccatcct actggcaatt 13681 tgaatgttca agtatgttgg ggaagtgctt gaccgcgtgc tgttgctcgc gattgctttt 13741 tttgtggtgt atcgtgccgt tctatcttgc tgtgctcgtc aacgccagcg acaacaacag 13801 ctctcatatt cagttgattt ataacttgac gctatgtgag ctgaatggca cagattggct 13861 ggcacaaaat tttgactggg cagtggagac ttttgtcatc ttccccgtgt tgactcacat 13921 tgtttcctat ggggcactca ccaccagcca tttccttgac acagttggtc tggccactgt 13981 gtccaccgcc ggatattatc acgggcggta tgtcttgagt agcatttacg cagtctgtgc 14041 tctggctgcg ctgatttgct ttgtcattag gcttgcgaag aactgcatgt cctggcgcta 14101 ctcttgtacc agatatacca acttccttct ggacactaag ggcagactct atcgttggcg
- 18PL BẢNG PL3.2. SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN NSP1a CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES. * The two sequences to be aligned are: HANV_ORF1A_P. Total number of residues: 2473. 02HY_ORF1A_P. Total number of residues: 2473. Comparison matrix : Structure-genetic matrix. Open gap cost : 7 Unit gap cost : 1 The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF1A_P- MSGILDRCTCTPNARVFVAEGQVYCTRCLSARSLLPLNLQVPELGVLGLF -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- MSGILDRCTCTPNARVFVAEGQVYCTRCLSARSLLPLNLQVPELGVLGLF -50 HANV_ORF1A_P- YRPEEPLRWTLPRAFPTVECSPAGACWLSAIFPIARMTSGNLNFQQRMVR -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- YRPEEPLRWTLPRAFPTVECSPAGACWLSAIFPIARMTSGNLNFQQRMVR -100 HANV_ORF1A_P- VAAEIYRAGQLTPTVLKTLQVYERGCRWYPIVGPVPGVGVYANSLHVSDK -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VAAEIYRAGQLTPTVLKTLQVYERGCRWYPIVGPVPGVGVYANSLHVSDK -150 HANV_ORF1A_P- PFPGATHVLTNLPLPQRPKPEDFCACECAMADVYDIGRGAVMYVAGGKVS -200 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PFPGATHVLTNLPLPQRPKPEDFCPFECAMADVYDIGRGAVMYVAGGKVS -200 HANV_ORF1A_P- WAPRGGNEVKFEPVPKELKLVANRLHTSFPPHHVVDMSKFTLMTPGSGVS -250 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| 02HY_ORF1A_P- WAPRGGNEVKFEPVPKELKLVANRLHTSFPPHHAVDMSRFTFMTPGSGVS -250 HANV_ORF1A_P- MRVEYQHGCLPADTVPEGNCWWRLFDSLPPEVQYKEIRHANQFGYQTKHG -300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- MRVEYQHGCLPADTVPEGNCWWRLFDSLPPEVQYKEIRHANQFGYQTKHG -300 HANV_ORF1A_P- VPGKYLQRRLQVNGLRAVTDTHGPIVIQYFSVKESWIRHLKLVEEPSLPG -350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VPGKYLQRRLQVNGLRAVTDTHGPIVIQYFSVKESWIRHLKLVEEPSLPG -350 HANV_ORF1A_P- FEDLLRIRVEPNTSPLAGKDEKIFRFGSHKWYGAGKRARKTRSGATTMVA -400 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF1A_P- FEDLLRIRVEPNTSPLAGKDEKIFRFGSHKWYGAGKRARKTRSGASTMVA -400 HANV_ORF1A_P- HHASSAHETRQATKHEGAGANKAEHLKRYSPPAEGNCGWHCISAIANRMV -450 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- HHASSAHDTRQATKHEGAGANKAEHLKRYSPPAEGNCGWHCISAIANRMV -450
- 20PL HANV_ORF1A_P- QVFSLVSHLPIFFSHLFKSDSGYSPGDWGFAAFTLFCLFLCYSYPFFGFA -1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- QVFSLVSHLPIFFSHLFKSDSGYSPGDWGFAAFTLFCLFLCYSYPFFGFA -1250 HANV_ORF1A_P- PLLGVFSGSSRRVRMGVFGCWLAFAVGLFKPVSDPVGTACEFDSPECRNV -1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PLLGVFSGSSRRVRMGVFGCWLAFAVGLFKPVSDPVGTACEFDSPECRNV -1300 HANV_ORF1A_P- LHSFELLKPWDPVRSLVVGPVGLGLAILGRLLGGARYIWHFLLRLGIVAD -1350 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF1A_P- LHSFELLKPWDPVRSLVVGPVGLGLAILGRLLGGARYIWHFLLRLCIVAD -1350 HANV_ORF1A_P- CILAGAYVLSQGRCKKCWGSCVRTAPNEIAFNVFPFTRATRLSLIDLCDR -1400 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 02HY_ORF1A_P- CILAGAYVLSQGRCKKCWGSCVRTAPNEIAFNVFPFTRATRLSPIDLCDR -1400 HANV_ORF1A_P- FCAPKGMDPIFLATGWRGCWTGRSPIEQPSEKPIAFAQLDEKRITARTVV -1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- FCAPKGMDPIFLATGWRGCWTGRSPIEQPSEKPIAFAQLDEKRITARTVV -1450 HANV_ORF1A_P- TQPYDPNQAVKCLRVLQAGGAMVAEAVPKVVKVSAIPFRAPFFPAGVKVD -1500 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- AQPYDPNQAVKCLRVLQAGGAMVAEAVPKVVKVSAIPFRAPFFPAGVKVD -1500 HANV_ORF1A_P- PECRIVVDPDTFTTALRSGYSTANLVLGTGDFAQLNGLKIRQISKPSGGG -1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PECRIVVDPDTFTTALRSGYSTANLVLGTGDFAQLNGLKIRQISKPSGGG -1550 HANV_ORF1A_P- PHLIAALHVACSMALHMLAGVYVTAVGSCGTGTNDPWCTNPFAVPGYGPG -1600 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PHLIAALHVACSMALHMLAGVYVTAVGSCGTGTSDPWCTNPFAVPGYGPG -1600 HANV_ORF1A_P- SLCTSRLCISQHGLTLPLTALVAGFGLQDIALVVLIFVSIGGMAHRLSCK -1650 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SLCTSRLCISQHGLTLPLTALVAGFGLQEIALVVLIFVSIGGMAHRLSCK -1650 HANV_ORF1A_P- ADMLCILLAIASYVWVPLTWLLCVFPCWLRWFSLHPLTILWLVFFLISVN -1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- ADMLCILLAIASYVWVPLTWLLCVFPCWLRWFSLHPLTILWLVFFLISVN -1700 HANV_ORF1A_P- IPSGILAVVLLVSLWLLGRYTNIAGLVTPYDIHHYTSGPRGVAALATAPD -1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- IPSGILAVVLLVSLWLLGRYTNIAGLVTPYDIHHYTSGPRGVAALATAPD -1750 HANV_ORF1A_P- GTYLAAVRRAALTGRTMLFTPSQLGSLLEGAFRTQKPSLNTVNVVGSSMG -1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- GTYLAAVRRAALTGRTMLFTPSQLGSLLEGAFRTQKPSLNTVNVVGSSMG -1800 HANV_ORF1A_P- SGGVFTIDGKIKCVTAAHVLTGNSARVSGVGFNQMLDFDVKGDFAIADCP -1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SGGVFTIDGKIKCVTAAHVLTGNSARVSGVGFNQMLDFDVKGDFAIADCP -1850 HANV_ORF1A_P- NWQGVAPKAQFCEDGWTGRAYWLTSSGVEPGVIGNGFAFCFTACGDSGSP -1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- NWQGVAPKAQFCEDGWTGRAYWLTSSGVEPGVIGNGFAFCFTACGDSGSP -1900 HANV_ORF1A_P- VITEAGELVGVHTGSNKQGGGIVTRPSGQFCNVKPIKLSELSEFFAGPKV -1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VITEAGELVGVHTGSNKQGGGIVTRPSGQFCNVKPIKLSELSEFFAGPKV -1950
- 22PL BẢNG PL3.3. SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN NSP1b CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES. * The two sequences to be aligned are: HANV_ORF1B_P. Total number of residues: 1459. 02HY_ORF1B_P. Total number of residues: 1459. Comparison matrix : Structure-genetic matrix. Open gap cost : 7 Unit gap cost : 1 The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF1B_P- KLLAASGLTRCGRGGLVVTETAVKIVKFHNRTFTLGPVNLKVASEVELKD -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 02HY_ORF1B_P- KLLAASGLTRCGRGGLVVTETAVKIVKFHNRTFTLGPVNLKVTSEVELKD -50 HANV_ORF1B_P- AVEHNQHPVARPVDGGVVLLRSAVPSLIDVLISGADASPKLLARHGPGNT -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AVEHNQHPVARPVDGGVVLLRSAVPSLIDVLISGADASPKLLARHGPGNT -100 HANV_ORF1B_P- GIDGTLWDFEAEATKEEVALSAQIIQACDIRRGDAPEIGLPYKLYPVRGN -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- GIDGTLWDFEAEATKEEVALSAQIIQACDIRRGDAPEIGLPYKLYPVRGN -150 HANV_ORF1B_P- PERVKGVLQNTRFGDIPYKTPSDTGSPVHAAACLTPNATPVTDGRSVLAT -200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- PERVKGVLQNTRFGDIPYKTPSDTGSPVHAAACLTPNATPVTDGRSVLAT -200 HANV_ORF1B_P- TMPSGFELYVPTIPASVLDYLDSRPDCPKQLTEHGCEDAALRDLSKYDLS -250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- TMPSGFELYVPTIPASVLDYLDSRPDCPKQLTEHGCEDAALRDLSKYDLS -250 HANV_ORF1B_P- TQGFVLPGVLRLVRKYLFAHVGKCPPVHRPSTYPAKNSMAGINGNRFPTK -300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- TQGFVLPGVLRLVRKYLFAHVGKCPPVHRPSTYPAKNSMAGINGNRFPTK -300 HANV_ORF1B_P- DIQSVPEIDVLCAQAVRENWQTVTPCTLKKQYCGKKKTRTILGTNNFIAL -350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- DIQSVPEIDVLCAQAVRENWQTVTPCTLKKQYCGKKKTRTILGTNNFIAL -350 HANV_ORF1B_P- AHRAALSGVTQGFMKKAFNSPIALGKNKFKELQAPVLGRCLEADLASCDR -400 || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AHPAALSSVTQGFMKKAFNSPIALGKNKFKELQAPVLGRCLEADLASCDR -400 HANV_ORF1B_P- STPAIVRWFAANLLYELACAEGHLPSYVLNCCHDLLVTQSGAVTKRGGLS -450 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- STPAIVRWFAANLLYELACAEEHLPSYVLNCCHDLLVTQSGAVTKRGGLS -450
- 24PL HANV_ORF1B_P- DREREVAESLPHAFIGDVKGTTVGGCHHVTSKYLPRFLPKESVAVVGVSS -1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- DREREVAESLPHAFIGDVKGTTVGGCHHVTSKYLPRFLPKESVAVVGVSS -1250 HANV_ORF1B_P- PGKAAKAVCTLTDVYLPDLEAYLHPETQSRCWKVMLDFKEVRLMVWKDKT -1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- PGKAAKAVCTLTDVYLPDLEAYLHPETQSRCWKVMLDFKEVRLMVWKDKT -1300 HANV_ORF1B_P- AYFQLEGRHFTWYQLASYASYIRVPVNSTVYLDPCMGPALCNRRVVGSTH -1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AYFQLEGRHFTWYQLASYASYIRVPVNSTVYLDPCMGPALCNRRVVGSTH -1350 HANV_ORF1B_P- WGADLAVTPYDYGAKIILSSAYHGEMPPGYKILACAEFSLDDPVRYKHTW -1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- WGADLAVTPYDYGAKIILSSAYHGEMPPGYKILACAEFSLDDPVRYKHTW -1400 HANV_ORF1B_P- GFESDTAYLYEFTGNGEDWEDYNDAFRARQKGKIYKANATSMRFHFPPGP -1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- GFESDTAYLYEFTGNGEDWEDYNDAFRARQKGKIYKANATSMRFHFPPGP -1450 HANV_ORF1B_P- VIEPTLGLN -1459 ||||||||| 02HY_ORF1B_P- VIEPTLGLN -1459 Identity : 1448 (99.25%) Number of gaps inserted in HANV_ORF1B_P: 0 Number of gaps inserted in 02HY_ORF1B_P: 0
- 26PL BẢNG PL3.5. SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP3 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES. * The two sequences to be aligned are: HANV_ORF3_P. Total number of residues: 254. 02HY_ORF3_P. Total number of residues: 254. Comparison matrix : Structure-genetic matrix. Open gap cost : 7 Unit gap cost : 1 The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF3_P - MANSCTFLHIFLRCSFLYSFCCAVVANSNATFCFWFPLVRGNFSFELMVN -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - MANSCTFLHIFLRCSFLYSFCCAVVANSNATFCFWFPLVRGNFSFELMVN -50 HANV_ORF3_P - YTVCPLCPTRQAAAEILEPGKSFWCRIGHDRCSENDHDELGFMVPPGLSS -100 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - YTVCPLCPTRQAAAEILEPGKSFWCRIGNDRCSENDHDELGFMVPPGLSS -100 HANV_ORF3_P - EGHLTSVYAWLAFLSFSYTAQFHPEIFGIGNVSQVYVDIKHQFICAVHDG -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - EGHLTSVYAWLAFLSFSYTAQFHPEIFGIGNVSQVYVDIKHQFICAVHDG -150 HANV_ORF3_P - DNATLPRHDNISAVFQTYYQHQVDGGNWFHLEWLRPFFSSWLVLNVSWFL -200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - DNATLPRHDNISAVFQTYYQHQVDGGNWFHLEWLRPFFSSWLVLNVSWFL -200 HANV_ORF3_P - RRSPASHVSVRVFRTSKPTPPQHQASLSSRTSAALGMATRPLRQFAKVLS -250 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| 02HY_ORF3_P - RRSPASHVSVRVFRTSKPTPPQLQASLSSRTSAALGMATRPLRRFAKVLS -250 HANV_ORF3_P - AARR -254 |||| 02HY_ORF3_P - AARR -254 Identity : 251 (98.82%) Number of gaps inserted in HANV_ORF3_P: 0 Number of gaps inserted in 02HY_ORF3_P: 0
- 28PL BẢNG PL3.7. SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP5 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES. * The two sequences to be aligned are: HANV_ORF5_P Total number of residues: 200. 02HY_ORF5_P Total number of residues: 200. Comparison matrix : Structure-genetic matrix. Open gap cost : 7 Unit gap cost : 1 The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF5_P 02HY_ORF5_P HANV_ORF5_P - MLGKCLTACCCSRLLFLWCIVPFYLAVLVNASDNNSSHIQLIYNLTLCEL -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - MLGKCLTACCCSRLLFLWCIVPFYLAVLVNASDNNSSHIQLIYNLTLCEL -50 HANV_ORF5_P - NGTDWLAQNFDWAVETFVIFPVLTHIVSYGALTTSHFLDTVGLATVSTAG -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - NGTDWLAQNFDWAVETFVIFPVLTHIVSYGALTTSHFLDTVGLATVSTAG -100 HANV_ORF5_P - YYHGRYVLSSIYAVCALAALICFVIRLAKNCMSWRYSCTRYTNFLLDTKG -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - YYHGRYVLSSIYAVCALAALICFVIRLAKNCMSWRYSCTRYTNFLLDTKG -150 HANV_ORF5_P - RLYRWRSPVIVEKRGKVEVEGHLIDLKRVVLDGSAATPLTRVSAELWGRL -200 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF5_P - RLYRWRSPVIVEKRGKVEVEGHLIDLKRVVLDGSAATPLTRVSAEQWGRL -200 Identity : 199 (99.50%) Number of gaps inserted in HANV_ORF5_P: 0 Number of gaps inserted in 02HY_ORF5_P: 0
- 30PL BẢNG PL3.9. SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN MP CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES. * The two sequences to be aligned are: HANV_ORF7_P. Total number of residues: 123. 02HY_ORF7_P. Total number of residues: 123. Comparison matrix : Structure-genetic matrix. Open gap cost : 7 Unit gap cost : 1 The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF7_P 02HY_ORF7_P HANV_ORF7_P - MPNNNGKQQKKKKGNGQPVNQLCQMLGKIIAQQNQSRGKGPGKKNRKKNP -50 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - MPNNNGKQQKKKKGNGQPVNQLCQMLGKIIAQQNQSRGKGPGKKNRKKNS -50 HANV_ORF7_P - EKPHFPLATEDDVRHHFTPSERQLCLSSIQTAFNQGAGTCALSDSGRISY -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - EKPHFPLATEDDVRHHFTPSERQLCLSSIQTAFNQGAGTCALSDSGRISY -100 HANV_ORF7_P - TVEFSLPTQHTVRLIRATASPSA -123 ||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - TVEFSLPTQHTVRLIRATASPSA -123 Identity : 122 (99.19%) Number of gaps inserted in HANV_ORF7_P: 0 Number of gaps inserted in 02HY_ORF7_P: 0
