Luận án Nghiên cứu biến đổi gen ở người bệnh mắc bệnh xirô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa Urê và bệnh loạn dưỡng cơ ở Việt Nam bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới

Bệnh xirô niệu (MSUD)
Khái niệm
Bệnh xirô niệu (MSUD) là một rối loạn chuyển hóa hiếm gặp, di truyền gen
lặn trên nhiễm sắc thể thường. Cơ thể của người bệnh không thể chuyển hóa được
các amino acid mạch nhánh (BCAA) bao gồm leucine, isoleucine và valine. Sự tích
tụ của các amino acid này trong nước tiểu tạo ra mùi đặc trưng và là nguồn gốc tên
của bệnh. Nếu không được điều trị kịp thời, bệnh có thể tiến triển đến co giật, hôn
mê và thậm chí tử vong sớm, thường trước 3 tháng tuổi.
Xirô niệu là bệnh hiếm gặp với tỷ lệ mắc ước tính khoảng 1/185.000 trên toàn
thế giới [1]. Tuy nhiên, ở các quốc gia có tỷ lệ hôn nhân cận huyết cao, con số này có
thể lớn hơn [2]. Đến nay, tỷ lệ mắc bệnh xirô niệu ở Việt Nam chưa được thống kê
đầy đủ và chính thức.
Cơ chế bệnh sinh
Bệnh xirô niệu gây ra do biến thể xuất hiện trên gen BCKDHA, BCKDHB,
DBT và DLD, mã hóa tương ứng cho các tiểu đơn vị E1α, E1β, E2, E3 của phức
hợp α-ketoacid dehydrogenase mạch nhánh (BCKD). Phức hợp BCKD xúc tác quá
trình khử carboxyl hóa các α-ketoacid mạch nhánh, bước thứ hai trong quá trình
phân giải các amino acid mạch nhánh. Biến thể trên các gen mã hóa làm suy giảm
hoặc mất chức năng của phức hợp, từ đó dẫn đến sự tích tụ các amino acid mạch
nhánh như leucine, isoleucine, valine trong máu và các α-ketoacid mạch nhánh
trong máu và nước tiểu [3]. Sự tích lũy các chất này có thể gây tổn thương hệ thần
kinh thông qua việc ngăn cản quá trình tổng hợp các chất dẫn truyền thần kinh quan
trọng và quá trình myelin hóa xảy ra ở các tế bào thần kinh [3].
Leucine, isoleucine, valine là 03 amino acid thiết yếu, không thể tự tổng hợp ở
động vật có vú và được đưa vào cơ thể qua đường thức ăn. Do BCAA cần thiết cho
quá trình tổng hợp protein, các acid béo mạch nhánh, chất dẫn truyền thần kinh nên
quá trình dị hóa các BCAA được kiểm soát chặt chẽ, thông qua phức hợp enzyme
BCKD. Bước đầu tiên trong quá trình dị hóa BCAA là chuyển nhóm amin của
leucine, isoleucine, valine cho α-ketoglutarate (α-KG) tạo thành glutamate và các
ketoacid mạch nhánh (BCKA) tương ứng bao gồm α-ketoisocaproate (KIC), α ketomethylvalate (KMV), α-ketoisovalerate (KIV), với sự xúc tác của aminotransferase
pdf 169 trang phubao 24/12/2022 1820
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Luận án Nghiên cứu biến đổi gen ở người bệnh mắc bệnh xirô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa Urê và bệnh loạn dưỡng cơ ở Việt Nam bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên.

File đính kèm:

  • pdfluan_an_nghien_cuu_bien_doi_gen_o_nguoi_benh_mac_benh_xiro_n.pdf
  • docĐóng góp mới.doc
  • pdfĐóng góp mới.pdf
  • pdfQĐ.pdf
  • pdfTóm tắt TA.pdf
  • pdfTóm tắt TV.pdf
  • pdfTrích yếu LA.pdf
  • docxTrích yếu luận án.docx

Nội dung text: Luận án Nghiên cứu biến đổi gen ở người bệnh mắc bệnh xirô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa Urê và bệnh loạn dưỡng cơ ở Việt Nam bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới

  1. 137 Value of the OTC structure in predicting a mutation pathogenic potential, J Inherit Metab Dis, 2007, 30(2), 217-226. 181. M. Tuchman, R. J. Plante, M. T. McCann, et al., Seven new mutations in the human ornithine transcarbamylase gene, Hum. Mutat, 1994, 4(1), 57-60. 182. S. Strautnleks, S. Malcolm, Novel mutation affecting a splice site in exon 4 of the ornithine carbamoyl transferase gene, Hum. Mol. Genet, 1993, 2(11), 1963-1964. 183. G. Storkanova, H. Vlaskova, N. Chuzhanova, et al., Ornithine carbamoyltransferase deficiency: molecular characterization of 29 families, Clin Genet, 2013, 84(6), 552-559. 184. J.A. Veltman & H.G.Brunner., De novo mutations in human genetic disease, Nat Rev Genet, 2012,13(8):565-575. 185. M. Tuchman, N .Jaleel, H. Morizono, et al., Mutations and polymorphisms in the human ornithine transcarbamylase gene, Hum Mutat, 2002, 19(2), 93-107. 186. L. Azevedo, A. S. Oliveira, A. Amorim, Ornithine Transcarbamylase Deficiency, Genetics, eLS, 2017, 68-70. 187. K. Yokoi, Y. Nakajima, H. Inagaki, et al., Exonic duplication of the OTC gene by a complex rearrangement that likely occurred via a replication-based mechanism: a case report, BMC Med Genet, 2018, 19(1), 210- 216. 188. J. M. Goldmann, J. A Veltman, C. Gilissen, De Novo Mutations Reflect Development and Aging of the Human Germline, Trends Genet, 2019, 35(11), 828-839. 189. T. De Grauw, L. Smit, M. Brockstedt, et al., Acute hemiparesis as the presenting sign in a heterozygote for ornithine transcarbamylase deficiency, Neuropediatrics, 1990, 21(03), 133-135. 190. N.D. Sirisena, U. J. E. Samaranayake, O. L. A. Neto, et al., A novel variant in the COL6A1 gene causing Ullrich congenital muscular dystrophy in a consanguineous family, BMC Neurology, 2021, 21, 105-112. 191. M. Amin, Y. Bakhit, M. Koko et al., Rare variant in LAMA2 gene causing congenital muscular dystrophy in a Sudanese family. A case report, Acta Myol, 2019, 38(1):21-24. 192. A. Khorrami, P. Goleij, V. Karamad, et al., Identification of a compound heterozygous missense mutation in LAMA2 gene from a patient with merosin- deficient congenital muscular dystrophy type 1A. J Clin Lab Anal, 2021, 35(11), e23930- e23936. 193. S. Saredi, S. Gibertini, L. Matalonga, et al., Exome sequencing detects compound heterozygous nonsense LAMA2 mutations in two siblings with atypical phenotype and nearly normal brain MRI, Neuromuscul Disord, 2019, 29(5), 376-380. 194. I . Nelson, T. Stojkovic, V. Allamand, et al., Laminin alpha2 Deficiency- Related Muscular Dystrophy Mimicking Emery-Dreifuss and Collagen VI related Diseases, J Neuromuscul Dis, 2015, 2(3), 229-240. 195. M. Nissinen, A. Helbling-Leclerc, X. Zhang, et al., Substitution of a conserved cysteine-996 in a cysteine-rich motif of the laminin alpha2-chain in congenital muscular dystrophy with partial deficiency of the protein, Am J Hum Genet, 1996, 58(6), 1177-1184.
  2. PHỤ LỤC Phụ lục 1. Biên bản bàn giao mẫu nghiên cứu P1 Phụ lục 2. Kết quả lâm sàng của các người bệnh tham gia nghiên cứu P2 Phụ lục 3. Một số biến thể trên các gen liên quan đến bệnh MUSD P7 Phụ lục 4. Các bệnh thuộc nhóm rối loạn chu trình chuyển hóa urê P8 Phụ lục 5. Một số biến thể trên các gen liên quan đến bệnh rối loạn chu trình chuyển hóa urê được phát hiện bằng NGS. P9 Phụ lục 6. Nồng độ và độ tinh sạch DNA tổng số của người bệnh xirô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa urê, loạn dưỡng cơ và các thành viên trong gia đình P10 Phụ lục 7. Dữ liệu các vùng gen mã hóa ở các người bệnh xi rô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa urê và loạn dưỡng cơ P11 Phụ lục 8. Kết quả lọc biến thể trên các gen liên quan đến bệnh xirô niệu P12 Phụ lục 9. Kết quả lọc biến thể trên các gen liên quan đến bệnh rối loạn chu trình chuyển hóa urê ở người bệnh R05, R06, R07 P14 Phụ lục 10. Kết quả lọc biến thể có khả năng ảnh hưởng đến chức năng P18
  3. P2 Phụ lục 2. Kết quả lâm sàng của các người bệnh tham gia nghiên cứu Người bệnh R01 Bé trai, con thứ hai trong gia đình, có chị gái phát triển bình thường. Sau khi sinh, người bệnh có biểu hiện suy hô hấp do tràn dịch màng phổi bẩm sinh và được chuyển đến khoa chăm sóc tích cực sơ sinh tại thời điểm 02 ngày tuổi. Kết quả kiểm tra cho thấy người bệnh có triệu chứng tràn dịch màng phổi hai bên và keton niệu. Người bệnh được điều trị bằng truyền dịch glucose, tạm dừng bú và thở máy. Sau 05 ngày điều trị, tình trạng của người bệnh có tiến triển tích cực: thở tự nhiên không suy hô hấp. Tuy nhiên, sau khi bú sữa 02 ngày, người bệnh có biểu hiện li bì, hôn mê, suy hô hấp. Các xét nghiệm sinh hóa cho thấy người bệnh nhiễm toan chuyển hóa, hạ natri máu, tăng leucine máu (2.887μmol/l; người bình thường 57,16-246,95 μmol/l) [129], tăng isoleucin máu (56,0 μmol/l; người bình thường 36,2- 112,5 μmol/l) [129]. Người bệnh được điều trị thêm bằng lọc máu, tạm dừng bú và truyền glucose (10 mg/kg/phút). Kết quả phân tích sau điều trị cho thấy, người bệnh trở về trạng thái bình thường (mức leucine máu là 502 μmol/l). Người bệnh xuất viện sau 2 tháng điều trị. Đến thời điểm thực hiện nghiên cứu, người bệnh 12 tháng tuổi với DQ 60% và hai lần tái phát các triệu chứng. Người bệnh R02 Bé trai, con thứ năm trong gia đình có bố mẹ, anh, chị là những người bình thường không biểu hiện bệnh. Tiền sử gia đình của người bệnh có hai chị gái đã mất tại thời điểm 27 và 23 ngày sau sinh và đã được chẩn đoán mắc bệnh xirô niệu. Người bệnh nhập viện lúc 05 ngày tuổi sau sinh ở trạng thái nguy kịch với các đợt tím tái ngắn xuất hiện xen kẽ nhau. Kết quả xét nghiệm hóa sinh cho thấy các nồng độ leucine, allo - isoleucine ở người bệnh cao hơn so với người bình thường. Cụ thể: leucine (2.323 μmol/l, người bình thường 57,16 - 246,95 μmol/l) [129] và allo - isoleucine (74,9 μmol/l, người bình thường 36,2 - 112,5 μmol/l) [129] đều rất cao so với nồng độ ở người bình thường. Sau khi nhập viện điều trị, người bệnh được ngừng cho ăn sữa mẹ và truyền glucose (10 mg/kg/phút), bổ sung thiamine, lọc máu. Sau 48 giờ điều trị tình trạng của người bệnh chuyển biến tốt như: tỉnh táo, nồng độ leucine giảm xuống còn 432μmol/l. Sau 02 tháng điều trị các chỉ số xét nghiệm hóa sinh của người bệnh trở lại bình thường, người bệnh được xuất viện. Tại thời điểm nghiên cứu, người bệnh
  4. P4 sau khi sinh do hôn mê, khó thở. Bà nội của người bệnh mất năm 35 tuổi do đột quỵ, dì mất năm 21 tuổi do hôn mê, chú mất tại thời điểm 02 ngày sau sinh do hôn mê và khó thở, anh họ mất ngay sau khi sinh. Người bệnh nhập viện trong tình trạng hôn mê, không liệt, không co giật. Kết quả phân tích sinh hóa cho thấy nồng độ amoniac máu tăng nhẹ: 259 μg/dL (bình thường: <50 μg/dL), nồng độ alanin aminotransaminase (ALT): 69 UI/L (bình thường: 7-59 UI/L) và aspartate aminotransaminase (AST): 53 UI/L (bình thường: 10-40 UI/L), glutamine: 579 μmol/L (bình thường: 81 μmol/L). Ngoài ra, thời gian đông máu bị rối loạn (33%). Người bệnh được chẩn đoán rối loạn chu trình chuyển hóa urê và điều trị bằng cách ngừng bú, truyền glucose (10 mg/kg/phút), L-carnitine (100 mg/kg/ngày), L-arginine (500 mg/kg/ngày), natribenzoat (500 mg/kg/ngày) và lọc máu. Sau 72 giờ điều trị, người bệnh tỉnh táo và nồng độ amoniac trong máu trở lại bình thường. Tại thời điểm thực hiện nghiên cứu, bé gái 4 tuổi với chỉ số phát triển (DQ) 50% và tái phát bệnh 10 lần. Người bệnh R06 Bé gái 12 tháng tuổi, nhập viện trong tình trạng sốt, ho, bú kém và hôn mê. Người bệnh được chẩn đoán, xử trí và điều trị bệnh não trong 02 ngày. Khi bệnh diễn tiến xấu, người bệnh được chuyển đến cấp cứu tại Bệnh viện Nhi Trung ương. Người bệnh là con đầu lòng, sinh ra tại thời điểm thai kỳ 38 tuần với cân nặng lúc sinh là 2,8 kg. Sức khỏe và các mốc phát triển thần kinh của người bệnh đều bình thường tại thời điểm mới sinh. Người bệnh có anh trai mất khi mới 04 ngày tuổi do khó thở và hôn mê. Tại thời điểm nhập viện, người bệnh phải thở máy, sốc, hôn mê sâu, đồng tử giãn 4 mm, phản ứng ánh sáng yếu. Các chỉ tiêu sinh hóa trong máu tăng cao như nồng độ amoniac: 1100 μg/dL (bình thường: <50 μg/dL), lactate: 8,3 mmol/L (bình thường: 1,1-2,3 mmol/L), glutamine: 1490 μmol/L (bình thường: 81 μmol/L), lysine: 430 μmol/L (bình thường: 107 - 244 μmol/L), alanine aminotransaminase (ALT): 119 UI/L (bình thường: 7 - 59 UI/L) và aspartate aminotransaminase (AST): 148 UI/L (bình thường: 10 - 40 UI/L). Nồng độ orotic acid trong nước tiểu cũng tăng cao và thời gian đông máu bị rối loạn (29%). Kết quả chụp cộng hưởng từ (MRI) não cho thấy phù não và T1W não bất thường. Dựa vào triệu chứng lâm sàng, người bệnh
  5. P6 teo cơ, cong vẹo cột sống, vận động chậm chạp, lưỡi to, có dấu hiệu Gowers dương tính, không có dấu hiệu phì đại cơ lưỡi hoặc cơ bắp chân. Người bệnh có nhận thức bình thường, không có tiền sử co giật. Kết quả chụp công hưởng từ MRI cho thấy sự bất thường của chất trắng. Hình dạng, kích thước và tín hiệu của thể vàng bình thường, hệ thống não thất có hình dạng bình thường, không giãn. Đường giữa không thay đổi, không tụ dịch trong khoang màng não. Kích thước của tuyến yên bình thường. Không có bất thường nào được tìm thấy ở góc cầu tiểu não. Cấu trúc và tín hiệu của hành não, cầu não, tủy sống bình thường, thần kinh não bình thường. Xoang cánh mũi, xoang chũm không xuất hiện dấu hiệu bất thường, kết quả điện tim bình thường. Nồng độ creatine kinase tăng (942 UI/L, bình thường: 38 - 174 U/L), nồng độ alanine aminotransferase (ALT) và aspartate aminotransferase (AST) bình thường. Hệ thống hô hấp và tiêu hóa bình thường. Kết quả xét nghiệm nhiễm sắc thể của người bệnh là 46, XY. Tại thời điểm 09 tuổi, người bệnh mất khả năng đi lại. Người bệnh R09 Bé gái là em của người bệnh R08, con thứ hai trong gia đình. Người bệnh được sinh thường, đủ tháng, không có thông tin về cân nặng sau sinh. Tiền sử thai sản của mẹ bình thường. Sức khỏe của người bệnh bình thường sau sinh. Người bệnh biết ngồi lúc 01 tuổi và biết đứng lúc 04 tuổi. Các triệu chứng lâm sàng của người bệnh tương tự anh trai (R08), tuy nhiên, người bệnh có thêm biểu hiện lưỡi gà rộng. Nồng độ creatine kinase là 523 UI/L, nồng độ ALT: 40,3 UI/L và aspartate aminotransferase (AST) là 32,7 UI/L thuộc ngưỡng bình thường.
  6. P8 Phụ lục 4. Các bệnh thuộc nhóm rối loạn chu trình chuyển hóa urê Kiểu di Tỷ lệ mắc Axit hữu cơ Bệnh Gen Vị trí Amino acid trong máu truyền bệnh trong nước tiểu ↓Citrulline;↓Arginine Thiếu N-Acetyl glutamate synthase NAGS 17q21.31 AR ˂1:2,000,000 Không đáng kể ↑Glutamine Thiếu Carbamylphosphate ↓Citrulline; ↓Arginine CPS1 2q35 AR 1:1,300,000 Không đáng kể synthetase I ↑Glutamine X- ↓Citrulline; ↓Arginine ↑↑Orotic Thiếu Ornithine transcarbamylase OTC Xp11.4 1:56,500 linked ↑Glutamine acid Thiếu Argininosuccinate synthetase ↑↑Citrulline;↑Glutamine N-to ↑Orotic ASS 9q34.11 AR 1:250,000 (Citrulline máu loại I) ↓Arginine acid ↑Argininosuccinate & Thiếu Argininosuccinate lyase anhydrides N-to-↑orotic ASL 7q11.21 AR 1:218,750 (Argininosuccinic acid niệu) ↑Glutamine; ↑Citrulline acid ↓Arginine N-to-↑orotic Thiếu Arginase (Arginine máu) ARGI 6q23.2 AR 1:950,000 ↑ Arginine acid ↑Citrulline; ↑Arginine Thiếu Citrin (Citrulline máu loại I) SLC25A13 7q21.3 AR ˂1:2,000,000 Không đáng kể ↑Methionine; ↑Threonine Thiếu Ornithine translocase (Tăng ↑Ornithine; ↑Glutamine N-to-↑orotic ornithine máu, tăng ammoniac máu SLC25A15 13q14.11 AR ˂1:2,000,000 -→↓citrulline acid và homocitrulline máu) ↑Urine homocitrullin AR: Di truyền gen lặn trên NST thường; X-linked: Di truyền liên kết NST giới tính X; ↑: Tăng; ↓: Giảm; ˂: thấp hơn
  7. P10 Phụ lục 6. Nồng độ và độ tinh sạch DNA tổng số của người bệnh xirô niệu, rối loạn chu trình chuyển hóa urê, loạn dưỡng cơ và các thành viên trong gia đình Kết quả trung bình đo quang phổ mẫu DNA tổng số STT Gia đình Mẫu A260/A280 Nồng độ DNA (ng/µl) 1 R01 1,89 85,02 2 Bố-R01 1,93 95,32 F1 3 Mẹ-R01 1,86 89,34 4 Chị-R01 1,88 95,02 5 R02 1,91 77,95 6 Bố-R02 1,87 87,15 7 F2 Mẹ-R02 1,83 96,05 8 Anh-R02 1,84 80,32 9 Chị-R02 1,83 86,08 10 R03 1,86 75,64 11 Bố-R03 1,90 85,30 12 F3 Mẹ-R03 1,93 90,21 13 Anh-R03 1,80 100,23 14 Chị-R03 1,84 94,35 15 R04 1,83 80,26 16 Bố-R04 1,88 93,31 F4 17 Mẹ-R04 1,86 74,08 18 Anh-R04 1,87 81,00 19 R05 1,91 36,84 20 Bố-R05 1,86 48,69 F5 21 Mẹ-R05 1,83 65,98 22 Chị-R05 1,85 50,35 23 R06 1,90 35,46 24 F6 Bố-R06 1,83 45,39 25 Mẹ-R06 1,85 50,78 26 R07 1,80 58,43 27 Bố-R07 1,84 55,21 F7 28 Mẹ-R07 1,87 63,81 29 Anh-R07 1,93 40,71 30 R08 1,90 68,89 31 R09 1,88 64,22 F8 32 Bố 1,83 30,39 33 Mẹ 1,85 30,96
  8. P12 Phụ lục 8. Kết quả lọc biến thể trên các gen liên quan đến bệnh xirô niệu Người Thay đổi Gen Ảnh hưởng Vị trí Thay đổi DNA Zygosity bệnh protein BCKDHA Biến thể vùng UTR đầu 5′ 1/9 c.34T>G - HET BCKDHA Biến thể vùng intron 3/8 c.376-10A>C HOM BCKDHA Biến thể vùng intron 6/8 c.853+61T>C HOM BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.995+26C>T HET BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.995+49G>A HOM BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.995+90C>T HOM BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.996-36_996-35insC HOM BCKDHB Biến thể ngược hướng - c.68T>C - HET BCKDHB Biến thể vùng intron 1/10 c.197-25A>G - HET BCKDHB Biến thể vùng intron 1/10 c.197-11G>T - HET c.478-84_478- BCKDHB Biến thể vùng intron 4/10 83insAGGAAGGGA - HET R01 GGGAGGGAGGG BCKDHB Biến thể vùng intron 7/10 c.841-73C>T - HET BCKDHB Thay thế 9/11 c.989A>G p.E330G HET BCKDHB Thay thế 10/11 c.1103C>T p.P368L HET BCKDHB Biến thể vùng UTR đầu 3′ 10/10 c.*121G>A - HET DBT Thay thế 9/11 c.1150A>G HOM DBT Biến thể vùng intron 6/10 c.773-55_773-54insA HOM DBT Biến thể ngược hướng 9/11 c.34C>T HOM DLD Biến thể vùng intron 6/10 c.39+98_39+99insC HOM c.199-127_199- DLD Biến thể vùng intron - HET 121delATTTTAG DLD Biến thể vùng intron 1/13 c.199-108T>C HET DLD Biến thể vùng UTR đầu 3′ 3/13 c.*18A>T HET BCKDHA Trượt gen 3/8 c.376-10A>C - HET BCKDHA Trượt gen 4/8 c.484+149T>C - HET BCKDHA Trượt gen 6/8 c.853+61T>C - HET BCKDHA Trượt gen 7/8 c.995+49G>A - HET BCKDHA Trượt gen 7/8 c.995+90C>T - HET BCKDHA Trượt gen 7/8 c.996-36_996-35insC - HET BCKDHB Thay thế 9/11 c.1016C>T p.S339L HOM BCKDHB Biến thể vùng UTR_đầu 3′ 10/10 c.*121G>A - HOM R02 DBT Biến thể vùng intron 9/10 c.1210-10_1210-9insT - HET DBT Thay thế 9/11 c.1150A>G p.S384G HOM DBT Biến thể vùng intron 6/10 c.773-55_773-54insA - HET DLD Biến thể vùng intron 1/13 c.39+98_39+99insC - HOM DLD Biến thể vùng intron 3/13 c.199-108T>C - HOM DLD Biến thể vùng intron 8/13 c.684+124A>G - HOM DLD Biến thể vùng intron 8/13 c.684+189G>C - HOM DLD Biến thể vùng UTR_đầu 3′ 14/14 c.*28G>T - HOM BCKDHA Biến thể vùng intron 3/8 c.376-10A>C - HET BCKDHA Biến thể vùng intron 6/8 c.853+61T>C - HET BCKDHA Biến thể không thay đổi aa 7/9 c.972C>T p.F324F HET BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.995+49G>A - HET BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.995+90C>T - HET BCKDHA Biến thể vùng intron 7/8 c.996-36_996-35insC - HET
  9. P14 Phụ lục 9. Kết quả lọc biến thể trên các gen liên quan đến bệnh rối loạn chu trình chuyển hóa urê ở người bệnh R05, R06, R07 Người Thay đổi Gen Ảnh hưởng Vị trí Thay đổi DNA Zygosity bệnh protein CPS1 Biến thể vùng intron 1/38 c.3+12G>A - HOM CPS1 Biến thể vùng intron 1/38 c.4-467G>A - HOM CPS1 Biến thể thêm đoạn 2/39 c.15_16insTTC p.I5_K6insK HET CPS1 Biến thể thay thế 11/39 c. 1048A>G p.T350A HET Biến thể không thay CPS1 11/39 c.1050C>T p.T350T HET đổi aa CPS1 Biến thể vùng intron 11/38 c.1105-147A>G - HET Biến thể không thay CPS1 22/39 c.2697C>G p.G899G HET đổi aa CPS1 Biến thể vùng intron 24/38 c.2913+126G>A - HET CPS1 Biến thể vùng intron 24/38 c.2913+135C>T - HET CPS1 Biến thể vùng intron 26/38 c.3160-150G>A - HET CPS1 Biến thể vùng intron 27/38 c.3355-79C>T - HOM CPS1 Biến thể vùng intron 28/38 c.3423-92G>T - HET CPS1 Biến thể vùng intron 28/38 c.3423-29A>T - HET ASS1 Biến thể vùng intron 1/15 c.67-1259A>G - HET ASS1 Biến thể vùng intron 1/15 c.67-1157A>G - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 1/15 c.67-187T>C - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 2/15 c.5-172T>C - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 3/15 c.105+115G>A - HET ASS1 Biến thể vùng intron 6/15 c.421-28C>T - HET ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+18A>G - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+81A>G - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+178G>A - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 11/15 c.773+184G>T - HET R05 ASS1 Biến thể vùng intron 12/15 c.839-88A>T - HET OTC Biến thể vùng intron 5/9 c.540+134G>A HOM OTC Biến thể vùng intron 5/9 c.541-63G>A - HOM OTC Biến thể trượt gen 7/9 c.717+1G>A - HET c.1005+125_100 OTC Biến thể vùng intron 9/9 - HOM 5+126insT c.603-91_603- ASL Biến thể vùng intron 8/16 - HET 90insGTGT ASL Biến thể vùng intron 10/16 c.718+152G>A - HET c.826+73_826+ ARG1 Biến thể vùng intron 7/7 - HOM 74insA Biến thể vùng UTR ARG1 8/8 c.*27A>C - HET đầu 3′ NAGS Biến thể vùng intron 3/6 c.916-57T>C - HOM NAGS Biến thể vùng intron 6/6 c.1451+9T>C - HOM Biến thể không thay SLC25A13 12/18 c.1197A>G p.L399L HOM đổi aa SLC25A13 Biến thể vùng intron 10/17 c.1022-84G>A - HOM SLC25A13 Biến thể vùng intron 9/17 c.933+162G>A - HOM SLC25A13 Biến thể vùng intron 9/17 c.933+131C>A - HOM SLC25A13 Biến thể vùng intron 8/17 c.848+28delT - HOM SLC25A15 Biến thể vùng intron 3/6 c.314+22T>C - HET SLC25A15 Biến thể thay thế 6/7 c.760A>T p.I254L HET SLC25A15 Biến thể vùng intron 6/6 c.781+75T>C - HOM SLC25A15 Biến thể vùng intron 6/6 c.782-164A>G - HOM
  10. P16 Người Thay đổi Gen Ảnh hưởng Vị trí Thay đổi DNA Zygosity bệnh protein SLC25A15 Biến thể vùng intron 6/6 c.781+75T>C - HET SLC25A15 Biến thể vùng intron 6/6 c.782-164A>G - HET CPS1 Biến thể vùng intron 1/38 c.3+12G>A - HET CPS1 Biến thể thêm đoạn 2/39 c.15_16insTTC p.I5-K6insF HET c.640-183_640- CPS1 Biến thể vùng intron 7/38 - HET 182delAC CPS1 Biến thể thay thế 11/39 c.1048A>G p.T350A HET Biến thể không thay CPS1 11/39 c.1050C>T p.T350T HET đổi aa CPS1 Biến thể vùng intron 19/38 c.2211-15G>T - HET CPS1 Biến thể vùng intron 27/38 c.3355-79C>T - HOM CPS1 Biến thể vùng intron 28/38 c.3423-29A>T - HET CPS1 Biến thể vùng intron 30/38 c.3577-21delT - HOM CPS1 Biến thể vùng intron 33/38 c.3946-19delT - HOM c.4021- CPS1 Biến thể vùng intron 34/38 110_4021- - HOM 109insTG CPS1 Biến thể vùng intron 35/38 c.4119+62A>G - HOM CPS1 Biến thể thay thế 37/39 c.4235C>A p.T1412N HET OTC Biến thể vùng intron 5/9 c.540+134G>A - HOM OTC Biến thể vùng intron 5/9 c.541-63G>A - HOM c.1005+125_100 OTC Biến thể vùng intron 9/9 - HOM 5+126insT OTC Mất bộ ba kết thúc 10/10 c.1065A>G p.*355Wext*14 HET ASS1 Biến thể vùng intron 1/15 c.67-1157A>G - HET ASS1 Biến thể vùng intron 1/15 c.67-187T>C - HET ASS1 5_prime_UTR_variant 2/16 c.33C>T - HET ASS1 Biến thể vùng intron 2/15 c.5-172T>C - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 3/15 c.105+115G>A - HET ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+18A>G - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+81A>G - HOM ASS1 Biến thể vùng intron 9/15 c.597+178G>A - HOM R07 ASS1 Biến thể vùng intron 11/15 c.773+184G>T - HET ASS1 Biến thể vùng intron 12/15 c.839-88A>T - HET ASS1 Biến thể vùng intron 15/15 c.1194-210A>G - HET ASL Biến thể vùng intron 2/16 c.12+105C>T - HET ASL Biến thể vùng intron 2/16 c.12+227C>G - HET ASL Biến thể vùng intron 8/16 c.602+123T>C - HET c.603-90_603- ASL Biến thể vùng intron 8/16 - HET 89delGT ASL Biến thể vùng intron 9/16 c.655+124A>G - HET ASL Biến thể vùng intron 9/16 c.656-102T>C - HET splice_region_variant ASL 9/16 c.656-5C>A - HET &Biến thể vùng intron ASL Biến thể vùng intron 13/16 c.978+30C>T - HET ASL Biến thể vùng intron 13/16 c.978+63C>T - HET ASL Biến thể vùng intron 14/16 c.1063-57G>C - HET Biến thể vùng intron c.826+73_826+ ARG1 7/7 HOM 74insA Biến thể không thay SLC25A13 12/18 c.1197A>G p.L399L HOM đổi aa
  11. P18 Phụ lục 10. Kết quả lọc biến thể có khả năng ảnh hưởng đến chức năng Di Ảnh Thay đổi Gen Exon Thay đổi DNA R08 R09 Bố Mẹ truyền hưởng protein ENO3 Lặn Thay thế 8/12 c.772G>T p.D258Y - HET HET - KIDINS220 Lặn Thay thế 19/30 c.2396C>T p.P799L HET HET - HET LAMA2 Lặn Thay thế 5/65 c.778C>T p.H260Y HOM HOM HET HET LAMA2 Lặn Thay thế 21/65 c.2987G>A p.C996Y HOM HOM HET HET NEB Lặn Thay thế 105/183 c.16544A>C p.K5515T HOM HET HET HOM NT5C2 Lặn Trượt gen 16/17 c.1272+2T>C - HET HET HET - NPPA Lặn Thay thế 2/3 c.272A>G p.Q91R HET - HET - PLEC Lặn Thay thế 32/32 c.7943A>T p.Q2648L - HET HET - PLEC Lặn Thay thế 32/32 c.13192G>A p.A4398T HET - HET - TTN Lặn Thay thế 320/363 c.67936A>T p.I22646F HET HET - HET TTN Lặn Thay thế 279/363 c.53822A>T p.N17941I HET HET - HET BAG3 Trội Thay thế 2/4 c.239G>T p.R80M - HET - HET CACNA1G Trội Thay thế 18/38 c.3709C>A p.R1237S HET HET HET - Dịch c.1867_1868 DMPK Trội 16/16 p.V623fs - HET - HET khung insA c- Dịch DMPK Trội 16/16 1866_1867in p.V623fs - HET - HET khung sA FAT2 Trội Thay thế 13/23 c.9805C>T p.R3269C HET - - HET KCNA5 Trội Thay thế 1/1 c.544G>A p.G182R HET HET HET - NEFH Trội Thay thế 4/4 c.2092G>A p.V698M HET HET HET HET c.113_121del Xóa bộ ba ORAI1 Trội 1/2 AGCCCCC p.E38_P40del - HET - HET mã hóa GG c.43_57dupA Thêm bộ PPP2R2B Trội 1/10 GCAGCAG p.S15_S19dup - HET HET - ba mã hóa CAGCAGC SNTA1 Trội Thay thế 3/8 c.589C>T p.R197W - HET - HET SYNE1 Trội Thay thế 14/146 c.1330C>T p.R444W HET HET - HET Xóa bộ ba c.216_218del TBP Trội 3/8 p.Q73del HET HOM HET HOM mã hóa ACA c.273_281du Thêm bộ TBP Trội 3/8 pGCAGCAG p.Q92_Q94dup HET - HET - ba mã hóa CA HET: dị hợp tử; HOM: đồng hợp tử; -: không phát hiện