Luận án Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm Multiplex Realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh

Nội dung text: Luận án Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm Multiplex Realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh

1. DANH SÁCH BỆNH NHÂN NGHIÊN CỨU TẠI BỆNH VIỆN ĐỨC GIANG Đề tài: Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh. STT Họ và tên bệnh nhân Giới tính Mã số bệnh án Ghi chú 1 TRẦN THỌ B Nam 249280 2 PHẠM VĂN Đ Nam 7437 3 NGUYỄN QUỐC T Nam 329827 4 NGUYỄN THỊ N Nữ 329552 5 PHẠM VĂN D Nam 249280 6 TRẦN THỊ TR Nữ 328482 7 ĐỖ THẾ L Nam 117594 8 PHAN KHÁNH N Nam 328668 9 NGUYỄN THỊ G Nữ 82643 10 ĐẶNG THỊ L Nữ 329439 11 NGUYỄN VĂN S Nam 326106 12 LÊ MINH D Nam 315089 13 LÊ THỊ H Nữ 342960 14 NGUYỄN ĐĂNG Đ Nam 57101 15 HOÀNG VĂN B Nam 306098 16 PHÙNG THỊ B Nữ 261079 17 NGÔ THỊ D Nữ 198315 18 NGUYỄN BẤ H Nam 13621 19 ĐỖ THẾ L Nam 117594 20 ĐẶNG TRẦN ANH TH Nữ 77141 21 TRẦN XUÂN NH Nam 196655 22 HOÀNG VĂN TH Nam 228100 Máu 23 NGUYỄN BÁ T Nam 355096 Đờm 24 LÊ THỊ NGH Nữ 353505 25 TRẦN XUÂN NH Nam 196655 26 NGUYỄN BÁ T Nam 355096 Máu 27 HOÀNG VĂN TH Nam 228100 Đờm
2. PHỤ LỤC 2 ĐẶC ĐIỂM, HÌNH THÁI, TÍNH CHẤT SINH HOÁ CỦA 5 LOẠI VI KHUẨN: S. aureus, A. baumannii, P. aeruginosa, K. pneumoniae và E. coli 1. Staphylococcus aureus Hình thái: Cầu khuẩn Gram dƣơng, xếp đám. Tính chất nuôi cấy: Có thể phát triển ở nhiệt độ 10 – 40oC. Hiếu khí hay kỵ khí tuỳ tiện. S. aureus có thể sinh trƣởng đƣợc trên môi trƣờng có nồng độ muối cao tới 10%. Trong môi trƣờng canh thang: Sau 5 – 6 giờ làm đục môi trƣờng, để lâu có thể lắng cặn. Trên môi trƣờng đặc: Khuẩn lạc tròn lồi, nhẵn, thƣờng có màu vàng nhạt. Trên môi trƣờng thạch máu: tan máu hoàn toàn. Tính chất sinh hóa: Dƣơng tính với catalase, coagulase và lên men đƣờng manitol. 2. Pseudomonas aeruginosa Hình thái: Trực khuẩn mảnh, Gram âm thẳng hoặc hơi cong. Tính chất nuôi cấy: Vi khuẩn hiếu khí tuyệt đối, mọc dễ dàng trên các môi trƣờng nuôi cấy thông thƣờng. Nhiệt độ nuôi cấy thích hợp 37oC, có thể phát triển đƣợc ở 10-44oC; pH thích hợp 7,2 – 7,5. Trên môi trƣờng đặc: khuẩn lạc thƣờng to, nhẵn, bờ trải dẹt, cũng có thể có dạng xù xì hoặc nhầy. Tính chất đặc trƣng của vi khuẩn này là sinh sắc tố xanh. Trong môi trƣờng lỏng vi khuẩn mọc thành váng có màu xanh ở trên mặt môi trƣờng. Tính chất sinh vật hóa học: Dƣơng tính với oxidase và citrate simmon; Chuyển hóa đƣờng theo kiểu oxy hoá: glucose, mannitol, arabinose, galactose, fructoses. Âm tính với Ure, Indol, H2S. 3. Escherichia coli Hình thái: Trực khuẩn Gram âm Tính chất nuôi cấy: Phát triển dễ dàng trên các môi trƣờng nuôi cấy thông thƣờng, nhiệt độ thích hợp 37°C, phát triển đƣợc ở nhiệt độ từ 5-40°C, pH thích hợp là 7,0 - 7,2. Hiếu khí và kỵ khí tuỳ tiện. + Môi trƣờng canh thang: Nuôi cấy sau 3-4 giờ vi khuẩn phát triển làm đục môi trƣờng, sau 2 ngày trên mặt môi trƣờng có váng mỏng, những ngày sau vi
3. PHỤ LỤC 3 KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ GEN 16S CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN NGHIÊN CỨU VÀ SO SÁNH VỚI CÁC TRÌNH TỰ TRÊN NGÂN HÀNG GEN 1. Trình tự gen 16S của Staphylococus aureus (1Sa) 1.1. Trình tự gen 1 TGCAGTCGAG CGGGGGAAGG TAGCTTGCTA CCGGACCTAG CGGCGGACGG 51 GTGAGTAATG CTTAGGAATC TGCCTATTAG TGGGGGACAA CATCTCGAAA 101 GGGATGCTAA TACCGCATAC GTCCTACGGG AGAAAGCAGG GGATCTTCGG 151 ACCTTGCGCT AATAGATGAG CCTAAGTCGG ATTAGCTAGT TGGTGGGGTA 201 AAGGCCTACC AAGGCGACGA TCTGTAGCGG GTCTGAGAGG ATGATCCGCC 251 ACACTGGGAC TGAGACACGG CCCAGACTCC TACGGGAGGC AGCAGTGGGG 301 AATATTGGAC AATGGGGGGA ACCCTGATCC AGCCATGCCG CGTGTGTGAA 351 GAAGGCCTTA TGGTTGTAAA GCACTTTAAG CGAGGAGGAG GCTACTTTAG 401 TTAATACCTA GAGATAGTGG ACGTTACTCG CAGAATAAGC ACCGGCTAAC 451 TCTGTGCCAG CAGCCGCGGT AATACAGAGG GTGCGAGCGT TAATCGGATT 501 TACTGGGCGT AAAGCGTGCG TAGGCGGCTT ATTAAGTCGG ATGTGAAATC 551 CCCGAGCTTA ACTTGGGAAT TGCATTCGAT ACTGGTGAGC TAGAGTATGG 601 GAGAGGATGG TAGAATTCCA GGTGTAGCGG TGAAATGCGT AGAGATCTGG 651 AGGAATACCG ATGGCGAAGG CAGCCATCTG GCCTAATACT GACGCTGAGG 701 TACGAAAGCA TGGGGAGCAA ACAGGATTAG ATACCCTGGT AGTCCATGCC 751 GTAAACGATG TCTACTAGCC GTTGGGGCCT TTGAGGCTTT AGTGGCGCAG 801 CTAACGCGAT AAGTAGACCG CCTGGGGAGT ACGGTCGCAA GACTAAAACT 851 CAAATGAATT GACGGGGGCC CGCACAAGCG GTGGAGCATG TGGTTTAATT 901 CGATGCAACG CGAAGAACCT TACCTGGCCT TGACATACTA GAAACTTTCC 951 AGAGATGGAT TGGTGCCTTC GGGAATCTAG ATACAGGTGC TGCATGGCTG 1001 TCGTCAGCTC GTGTCGTGAG ATGTTGGGTT AAGTCCCGCA ACGAGCGCAA 1051 CCCTTTTCCT TACTTGCCAG CATTTCGGAT GGGAACTTTA AGGATACTGC 1101 CAGTGACAAA CTGGAGGAAG GCGGGGACGA CGTCAAGTCA TCATGGCCCT 1151 TACGGCCAGG GCTACC
4. 2. Trình tự gen 16S của Escherichia coli(1Ec) 2.1. Trình tự 1 TGCAAGTCGA ACGGTAACAG GAAGCAGCTT GCTGCTTTGC TGACGAGTGG 51 CGGACGGGTG AGTAATGTCT GGGAAACTGC CCGATGGAGG GGGATAACTA 101 CTGGAAACGG TAGCTAATAC CGCATAACGT CGCAAGACCA AAGAGGGGGA 151 CCTTCGGGCC TCTTGCCATC GGATGTGCCC AGATGGGATT AGCTAGTAGG 201 TGGGGTAACG GCTCACCTAG GCGACGATCC CTAGCTGGTC TGAGAGGATG 251 ACCAGCCACA CTGGAACTGA GACACGGTCC AGACTCCTAC GGGAGGCAGC 301 AGTGGGGAAT ATTGCACAAT GGGCGCAAGC CTGATGCAGC CATGCCGCGT 351 GTATGAAGAA GGCCTTCGGG TTGTAAAGTA CTTTCAGCGG GGAGGAAGGG 401 AGTAAAGTTA ATACCTTTGC TCATTGACGT TACCCGCAGA AGAAGCACCG 451 GCTAACTCCG TGCCAGCAGC CGCGGTAATA CGGAGGGTGC AAGCGTTAAT 501 CGGAATTACT GGGCGTAAAG CGCACGCAGG CGGTTTGTTA AGTCAGATGT 551 GAAATCCCCG GGCTCAACCT GGGAACTGCA TCTGATACTG GCAAGCTTGA 601 GTCTCGTAGA GGGGGGTAGA ATTCCAGGTG TAGCGGTGAA ATGCGTAGAG 651 ATCTGGAGGA ATACCGGTGG CGAAGGCGGC CCCCTGGACG AAGACTGACG 701 CTCAGGTGCG AAAGCGTGGG GAGCAAACAG GATTAGATAC CCTGGTAGTC 751 CACGCCGTAA ACGATGTCGA CTTGGAGGTT GTGCCCTTGA GGCGTGGCTT 801 CCGGAGCTAA CGCGTTAAGT CGACCGCCTG GGGAGTACGG CCGCAAGGTT 851 AAAACTCAAA TGAATTGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGTGG AGCATGTGGT 901 TTAATTCGAT GCAACGCGAA GAACCTTACC TGGTCTTGAC ATCCACGGAA 951 GTTTTCAGAG ATGAGAATGT GCCTTCGGGA ACCGTGAGAC AGGTGCTGCA 1001 TGGCTGTCGT CAGCTCGTGT TGTGAAATGT TGGGTTAAGT CCCGCAACGA 1051 GCGCAACCCT TATCCTTTGT TGCCAGCGGT CCGGCCGGGA ACTCAAAGGA 1101 GAC
5. 451 TAACTCCGTG CCAGCAGCCG CGGTAATACG GAGGGTGCAA GCGTTAATCG 501 GAATTACTGG GCGTAAAGCG CACGCAGGCG GTCTGTCAAG TCGGATGTGA 551 AATCCCCGGG CTCAACCTGG GAACTGCATT CGAAACTGGC AGGCTAGAGT 601 CTTGTAGAGG GGGGTAGAAT TCCAGGTGTA GCGGTGAAAT GCGTAGAGAT 651 CTGGAGGAAT ACCGGTGGCG AAGGCGGCCC CCTGGACAAA GACTGACGCT 701 CAGGTGCGAA AGCGTGGGGA GCAAACAGGA TTAGATACCC TGGTAGTCCA 751 CGCCGTAAAC GATGTCGATT TGGAGGTTGT GCCCTTGAGG CGTGGCTTCC 801 GGAGCTAACG CGTTAAATCG ACCGCCTGGG GAGTACGGCC GCAAGGTTAA 851 AACTCAAATG AATTGACGGG GGCCCGCACA AGCGGTGGAG CATGTGGTTT 901 AATTCGATGC AACGCGAAGA ACCTTACCTG GTCTTGACAT CCACAGAACT 951 TTCCAGAGAT GGATTGGTGC CTTCGGGAAC TGTGAGACAG GTGCTGCATG 1001 GCTGTCGTCA GCTCGTGTTG TGAAATGTTG GGTTAAGTCC CGCAACGAGC 1051 GCAACCCTTA TCCTTTGTTG CCAGCGGTTA GGCCGGGAAC TCAAAGGAAA 1101 CTGCCAGTGA TAAACTGGAG GAAGGTGGGG ATGACGTCAA GTCATCATGG 1151 CCCTTACGAC CAGGGC
6. 3.3. Kết quả so sánh với ngân hàng gen
7. 4.2. Hình ảnh giải trình tự
8. 5. Trình tự gen 16S của Pseudomonas aeruginosa (1Pa) 5.1. Trình tự 1 TGCAGTCGAG CGGATGAAGG GAGCTTGCTC CTGGATTCAG CGGCGGACGG 51 GTGAGTAATG CCTAGGAATC TGCCTGGTAG TGGGGGATAA CGTCCGGAAA 101 CGGGCGCTAA TACCGCATAC GTCCTGAGGG AGAAAGTGGG GGATCTTCGG 151 ACCTCACGCT ATCAGATGAG CCTAGGTCGG ATTAGCTAGT TGGTGGGGTA 201 AAGGCCTACC AAGGCGACGA TCCGTAACTG GTCTGAGAGG ATGATCAGTC 251 ACACTGGAAC TGAGACACGG TCCAGACTCC TACGGGAGGC AGCAGTGGGG 301 AATATTGGAC AATGGGCGAA AGCCTGATCC AGCCATGCCG CGTGTGTGAA 351 GAAGGTCTTC GGATTGTAAA GCACTTTAAG TTGGGAGGAA GGGCAGTAAG 401 TTAATACCTT GCTGTTTTGA CGTTACCAAC AGAATAAGCA CCGGCTAACT 451 TCGTGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGAAGGG TGCAAGCGTT AATCGGAATT 501 ACTGGGCGTA AAGCGCGCGT AGGTGGTTCA GCAAGTTGGA TGTGAAATCC 551 CCGGGCTCAA CCTGGGAACT GCATCCAAAA CTACTGAGCT AGAGTACGGT 601 AGAGGGTGGT GGAATTTCCT GTGTAGCGGT GAAATGCGTA GATATAGGAA 651 GGAACACCAG TGGCGAAGGC GACCACCTGG ACTGATACTG ACACTGAGGT 701 GCGAAAGCGT GGGGAGCAAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACGCCG 751 TAAACGATGT CGACTAGCCG TTGGGATCCT TGAGATCTTA GTGGCGCAGC 801 TAACGCGATA AGTCGACCGC CTGGGGAGTA CGGCCGCAAG GTTAAAACTC 851 AAATGAATTG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG TGGAGCATGT GGTTTAATTC 901 GAAGCAACGC GAAGAACCTT ACCTGGCCTT GACATGCTGA GAACTTTCCA 951 GAGATGGATT GGTGCCTTCG GGAACTCAGA CACAGGTGCT GCATGGCTGT 1001 CGTCAGCTCG TGTCGTGAGA TGTTGGGTTA AGTCCCGTAA CGAGCGCAAC 1051 CCTTGTCCTT AGTTACCAGC A
9. 5.3. Kết quả so sánh với ngân hàng gen
10. 451 GGCAAGATCC TCAACGTCGA AAAGGCGCGC TTCGACAAGA TGCTCTCCTC 501 CCAGGAGGTC GGTACGCTGA TCACCGCCCT GGGCTGTGGC ATCGGCCGCG 551 AGGAATACAA CATCGACAAG CTGCGCTACC ACAACATCAT CATCATGACC 601 GATGCTGACG TCGACGGTTC GCACATCCGC ACCCTGCTGT TGACCTTCTT 651 CTTCCGCCAG ATGCCCGAGC TGATCGAGCG TGGCTACATC TACATCGCCC 701 AGCCCCCGTT GTACAAGGTC AAGCGCGGCA AGCAGGAGCA GTACATCAAG 751 GACGACCAGG CCATGGAAGA GTACATGACC CAGTCGGCCC TGGAAGACGC 801 CAGCCTGCAC GTCAACGAGC ACGCTCCGGG CCTGTCCGGG GCGGCGCTGG 851 AGAAACTGGT CAACGAGTAT CGCGGGGTGA TCGCCACCCT CAAGCGCCTG 901 TCGCGCCTGT ACCCCCAGGA GCTGACCGAG CACTTCATCT ACCTGCCTAC 951 CGTGTCGGTG GACGACCTGG CTAACGAGTC GGCCATGCAG GGCTGGTTGG 1001 AGAAGTTCCA GGCGCGCCTG ACCGCCGCCG AGAAGTCCGG CCTGACCTAC 1051 AAGGCCAGCC TGCGCGAAGA CCGCGAGCGC CACCTGTGGC TGCCCGAGGT 1101 GGAACTGGTG GCCCACGGCC TGTCCAGCTA CGTCACCTTC AACCGTGACT 1151 TCTTCGCCAG CAATGACTAC CGCTCGGTGT CACTGCTCGG CGACCAGCTG 1201 AACAGCCTGC TGGAAGACGG CGCCTACGTG CAGAAGGGTG AGCGCAAGCG 1251 CCCGATCAGC GCCTTCAAGG ACGGCCTGGA CTGGCTGATG GCCGAAGGTA 1301 CCAAGCGCCA CAGCATCCAG CGATACAAGG GGCTGGGCGA GATGAACCCT 1351 GAGCAGCTGT GGGAAACCAC CATGGATCCG AACGTCCGGC GCATGCTCAA 1401 GGTGACCATC GAGGACGCCA TCGCCGCCGA CCAGATCTTC AACACCCTGA 1451 TGGGCGATGC CGTGGAGCCG CGCCGCGACT TCATCGAAAG CAACGCGCTG 1501 GCGGTGTCGA ACCTGGACGT GTA >Trình tự gen GltA của A. baumannii 1 ATTTACAGTG GCACATTAGG TCCCGATGTA ATCGACGTTA AAGATGTATT
11. 451 GTTGGTTATG GCAATGCAGA TATCGGTACC CAAGTCGATA ATTTTTGGCT 501 GGTAGGTCCT TTAAAAATTA CTCCTCAGCA AGAGGCACAG TTTGCTTACA 551 AGCTAGCTAA TAAAACGCTT CCATTTAGCC CAAAAGTCCA AGATGAAGTG 601 CAATCCATGT TATTCATAGA AGAGAAGAAT GGAAATAAAA TATACGCAAA 651 AAGTGGTTGG GGATGGGATG TAGACCCACA AGTAGGCTGG TTAACTGGAT 701 GGGTTGTTCA GCCTCAAGGA AATATTGTAG CGTTCTCCCT TAACTTAGAA 751 ATGAAAAAAG GAATACCTAG CTCTGTTCGA AAAGAGATTA CTTATAAAAG 801 TTTAGAACAA TTAGGTATTT TATAG >Trình tự gen phoA của E. coli 1 AAGCCCGGAC ACCAGAAATG CCTGTTCTGG AAAACCGGGC TGCTCAGAGC 51 CGATATTACT GCACCCGGCG GTGCTCGCCG CTTAACGGGT GATCAGACCG 101 CTGCTCTGCG TGATTCTCTT AGCGATAAAC CTGCAAAAAA TATTATTTTG 151 CTGATTGGCG ATGGGATGGG GGACTCGGAA ATTACTGCCG CACGCAATTA 201 TGCCGAAGGT GCGGGCGGCT TTTTTAAAGG TATCGATGCC TTACCGCTTA 251 CCGGGCAATA CACTCACTAT GCGCTGAATA AAAAAACCGG CAAACCGGAC 301 TACGTCACCG ACTCGGCTGC ATCAGCAACC GCCTGGTCAA CTGGTGTCAA 351 AACCTATAAC GGCGCGCTGG GCGTCGATAT TCACGAAAAA GATCACCCAA 401 CGATTCTGGA AATGGCAAAA GCCGCAGGTC TGGCGACCGG TAACGTTTCT 451 ACCGCAGAGT TGCAGGATGC CACGCCCGCT GCGCTGGTGG CGCATGTGAC 501 CTCGCGCAAA TGCTACGGTC CAAGTGCGAC CAGTGAAAAA TGTCCGGGTA 551 ACGCTCTGGA AAAAGGCGGA AAAGGATCGA TTACCGAACA GCTGCTTAAC 601 GCCCGTGCCG ATGTTACGCT TGGCGGCGGT GCAAAAACCT TTGCTGAAAC 651 GGCAACCGCC GGTGAATGGC AGGGAAAAAC GCTGCGTGAA CAGGCACAGG 701 CGCGTGGTTA TCAGTTGGTG AGCGATGCTG CCTCACTGAA TTCGGTGACG
12. 251 CGTGGCTATC GCCGCCGAAG TACTGAAAAA AGCCGGCGTG TACGATAAAA 301 ACAAACTGTT CGGCGTTACC ACGCTGGACA TCATCCGTTC CAATACCTTT 351 GTGGCGGAGC TGAA > Trình tự gen Cyt của Klebsiella pneumoniae 1 ATGTCTGATG CTAAAGCAAA AATCACCCTG GGTGGTGACA CTGCTATTGA 51 ACTGGATGTG CTAAAAGGCA CGCTCGGTCA GGATGTTATT GATATTCGTA 101 GTCTTGGTTC AAAAGGCGTA TTTACCTTTG ACCCAGGTTT CACATCAACG 151 GCTTCTTGTG AATCTAAAAT TACGTTTATC GATGGTGACG AGGGGATCCT 201 GCTGCACCGC GGCTTCCCGA TCGACCAGTT AGCGACCGAA TCTAATTATC 251 TTGAAGTCTG TTATATCCTG CTGTACGGCG AAAAGCCGAC CCAGGCCGAA 301 TATGACGAAT TCAAAACTAC CGTCACCCGC CACACCATGA TTCATGAGCA 351 GATCACCCGT CTGTTCCACG CGTTCCGTCG CGATTCCCAC CCGATGGCGG 401 TGATGTGCGG GATCACCGGC GCGCTGGCGG CGTTCTATCA TGATTCCCTC 451 GACGTGAATA ACCCGCGTCA CCGCGAGATT GCCGCCTACC GTCTGCTGTC 501 CAAAATGCCA ACCATGGCAG CCATGTGTTA CAAGTATTCT ATCGGCCAGC 551 CGTTTGTTTA TCCGCGCAAC GACCTCTCCT ACGCCGGCAA CTTCCTGCGC 601 ATGATGTTTG CGACACCGTG CGAAGAGTAT GAAGTCAATC CGGTGCTGGA 651 GCGCGCGATG GATCGTATTC TGATCCTGCA CGCCGATCAC GAGCAGAACG 701 CGTCGACCTC CACGGTACGT ACCGCAGGCT CCTCCGGCGC TAACCCGTTC 751 GCCTGTATCG CTGCGGGCAT CGCCTCCCTG TGGGGACCGG CACACGGTGG 801 CGCCAACGAA GCGGCGCTGA AAATGCTGGA AGAGATCAGC TCCGTTGAGC 851 ACATTCCGGA ATTTGTTCGT CGTGCGAAAG ACAAGAATGA CTCTTTCCGC 901 CTGATGGGCT TCGGCCATCG TGTTTACAAA AACTACGATC CGCGCGCCAC 951 CGTGATGCGT GAAACCTGCC ATGAAGTGCT GAAAGAGCTG GGCACCAAAG
13. 501 AAACGAAGCT TTAGTTCGTC AAGGCTTGGC TAAAGTTGCT TATGTTTATA 551 AACCTAACAA TACACATGAA CAACTTTTAA GAAAAAGTGA AGCACAAGCG 601 AAAAAAGAGA AATTAAATAT TTGGAGCGAA GACAACGCTG ATTCAG
14. SaNuc ATGGCAATTGTTTCAATATTACTTATAGGGATGGCTATCAGTAATGTTTCGAAAGGGCAATACGCAAAGAGGTTTTTCTTTTTCGCTACTAGTTGCTT AGTGTTAACTTTAGTTGTAGTTTCAAGTCTAAGTAGCTCAGCAAATGCATCACAAACAGATAACGGCGTAAATAGAAGTGGTTCTGAAGATCCAACAG TATATAGTGCAACTTCAACTAAAAAATTACATAAAGAACCTGCGACATTAATTAAAGCGATTGATGGTGATACGGTTAAATTAATGTACAAAGGTCAA CCAATGACATTCAGACTATTATTGGTTGATACACCTGAAACAAAGCATCCTAAAAAAGGTGTAGAGAAATATGGTCCTGAAGCAAGTGCATTTACGAA AAAAATGGTAGAAAATGCAAAGAAAATTGAAGTCGAGTTTGACAAAGGTCAAAGAACTGATAAATATGGACGTGGCTTAGCGTATATTTATGCTGATG GAAAAATGGTAAACGAAGCTTTAGTTCGTCAAGGCTTGGCTAAAGTTGCTTATGTTTATAAACCTAACAATACACATGAACAACTTTTAAGAAAAAGT GAAGCACAAGCGAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAG Amplicon Size: 140 bp SaNuc_For: AGGGATGGCTATCAGTAATGTTT SaNuc_Rev: CGCCGTTATCTGTTTGTGATG Primer Tm: 61⁰C/62⁰C BLAST: Aligns to multiple strains of S.aureus Secondary structure: Okay Primer related SNPs: No SNPs annotated in region SaNuc_probe: /56-FAM/CGAAAGGGC/ZEN/AATACGCAAAGAGGT/3IABkFQ/ Tm 67⁰C Probe related SNPs: No SNPs annotated in region AcOxa ATGAACATTAAAGCACTCTTACTTATAACAAGCGCTATTTTTATTTCAGCCTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCGCTTCAAA ATCTGATGAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGTACACACTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGGCCAAACTCAACAAAGCTATG GTAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCAAAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACC ACAGAAGTATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGGACATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGT TTATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATA ATTTTTGGCTGGTAGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAGTTTGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCCAAAAGTC CAAGATGAAGTGCAATCCATGTTATTCATAGAAGAGAAGAATGGAAATAAAATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAGACCCACAAGTAGG CTGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGAAATATTGTAGCGTTCTCCCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAG AGATTACTTATAAAAGTTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG Amplicon Size: 98 bp AcOxa_For: GAAGTGAAGCGTGTTGGTTAT
15. TGTGGGAAACCACCATGGATCCGAACGTCCGGCGCATGCTCAAGGTGACCATCGAGGACGCCATCGCCGCCGACCAGATCTTCAACACCCTGATGGGC GATGCCGTGGAGCCGCGCCGCGACTTCATCGAAAGCAACGCGCTGGCGGTGTCGAACCTGGACGTGTGA Amplicon Size: 127 bp PaGyr_For: CCTGCTGTTGACCTTCTTCT PaGyr_Rev: CTGGTCGTCCTTGATGTACTG Primer Tm: 62⁰C BLAST: Will align to multiple Pseudomonasaeruginosa Secondary structure: Good Primer related SNPs: No SNPs annotated in region PaGyr_probe: /5Cy3/CGAGCGTGGCTACATCTACATCGC/3IABkRQSp/ Tm 68⁰C Probe related SNPs: No SNPs annotated in region EcYcc ATGAAAACCGGCATCGTGACCACCTTGATTGCATTATGTTTGCCGGTATCCGTTTTTGCCACCACGCTGCGGCTTTCAACCGATGTCGATCTTCTGGTACT CGACGGCAAGAAGGTTTCCAGCTCTCTGCTGCGCGGTGCGGACAGCATTGAACTGGATAATGGACCGCATCAGTTAGTGTTTCGCGTTGAGAAGACGATTC ATCTTTCCAATAGTGAAGAACGGCTGTATATCTCCCCACCGCTGGTGGTCAGTTTTAATACCCAGCTCATCAACCAGGTCAATTTTCGCCTGCCTCGCCTG GAGAATGAGCGGGAAGCTAACCATTTTGATGCCGCGCCGCACCTTGAATTGTTGGATGGCGATGCGACGCCAATTCCGGTAAAGCTGGATATTCTCGCCAT TACCTCAACGGCAAAAACGATTGATTATGAGGTCGAGGTTGAACGCTATAACAAATCCGCGAAACGCGCTTCACTACCGCAATTTGCCACGATGATGGCAG ATGACAGTACGCTGCTTTCGGGTGTTTCCGAGCTGGATGCTATTCCACCGCAGTCTCAGGTGCTCACAGAACAACGGCTGAAGTATTGGTTTAAACTGGCT GACCCACAAACGCGAAATACTTTCCTGCAATGGGCGGAAAAACAACCATCTTCCTGA Amplicon Size: 99 bp EcYcc_For: CCAATTCCGGTAAAGCTGGATA EcYcc_Rev: GCGTTTCGCGGATTTGTTATAG Primer Tm: 62⁰C BLAST: Align to Escherichia coli Secondary structure: Okay. Some minor, non-extendible, dimers are predicted to form. Primer related SNPs: No SNPs annotated in region EcYcc_probe: TCTCGCCATTACCTCAACGGCAAA Tm 68⁰C Probe related SNPs: No SNPs annotated in region
16. PHỤ LỤC 6.1 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN KHUẨN GÂY NKBV BẰNG PHƢƠNG PHÁP MULTIPLEX REALTIME PCR VỚI PHƢƠNG PHÁP CẤY MÁU TRÊN MẪU BỆNH PHẨM DO BỆNH VIỆN THANH NHÀN CUNG CẤP ĐỢT 1. Kết quả multiplex STT Mã bệnh nhân Kết quả cấy máu realtime PCR 1 BN1 Âm tính Âm tính 2 BN2 Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 3 BN3 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 4 BN4 Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia 5 BN5 Âm tính Âm tính 6 BN6 Âm tính Âm tính 7 BN7 Âm tính Trực khuẩn Gr dƣơng 8 BN8 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 9 BN9 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 10 BN10 Escherichia coli Escherichia coli 11 BN11 Âm tính Âm tính 12 BN12 Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 13 BN13 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 14 BN14 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 15 BN15 Âm tính Nấm Candida knisie 16 BN16 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 17 BN17 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 18 BN18 Âm tính Âm tính
17. Kết quả multiplex STT Mã bệnh nhân Kết quả cấy máu realtime PCR 41 BN41 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 42 BN42 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 43 BN43 Âm tính Trực khuẩn Gr dƣơng 44 BN44 Âm tính Âm tính 45 BN45 Âm tính Citrobacter sp 46 BN46 Escherichia coli Escherichia coli 47 BN47 Escherichia coli Escherichia coli 48 BN48 Âm tính Cầu khuẩn Gr dƣơng 49 BN49 Escherichia coli Escherichia coli 50 BN50 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 51 BN51 Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia 52 BN52 Escherichia coli Escherichia coli 53 BN53 Âm tính Tụ cầu da 54 BN54 Escherichia coli Escherichia coli 55 BN55 Âm tính Tụ cầu da 56 BN56 Âm tính Âm tính 57 BN57 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 58 BN58 Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 59 BN59 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 60 BN60 Âm tính Tụ cầu da 61 BN61 Âm tính Trực khuẩn Gram âm 62 BN62 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus
18. PHỤ LỤC 6.2 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN KHUẨN GÂY NKBV BẰNG PHƢƠNG PHÁP MULTIPLEX REALTIME PCR VỚI PHƢƠNG PHÁP CẤY MÁU TRÊN MẪU BỆNH PHẨM DO BỆNH VIỆN THANH NHÀN CUNG CẤP ĐỢT 2 Kết quả multiplex STT Mã NC Loại bệnh phẩm Kết quả nuôi cấy realtime PCR 1 D1 Dịch phế quản Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 2 D2 Dịch phế quản Escherichia coli Escherichia coli 3 D3 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 4 D4 Dịch phế quản Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 5 D5 Dịch phế quản Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 6 D6 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 7 D7 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 8 D8 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 9 D9 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 10 D10 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 11 D11 Dịch phế quản Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 12 D12 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 13 D13 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 14 D14 Dịch phế quản Âm tính Acinetobacter baumannii 15 D15 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 16 D16 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 17 D17 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 18 D18 Dịch phế quản Escherichia coli Escherichia coli 19 D19 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii
19. Kết quả multiplex STT Mã NC Loại bệnh phẩm Kết quả nuôi cấy realtime PCR 43 NT5 NT Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 44 NT6 NT Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 45 Đờm 1 Đờm Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 46 Đờm 2 Đờm Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 47 Đờm 3 Đờm Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 48 Đờm 4 Đờm Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus, 49 Đờm 8 Đờm Staphylococcus aureus Acinetobacter baumannii 50 Đờm 9 Đờm Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 51 Đờm 12 Đờm Escherichia coli Escherichia coli
20. 17 DG17 Nƣớc tiểu 5 Âm tính Âm tính 18 DG18 Nƣớc tiểu 6 Âm tính Âm tính 19 DG19 Nƣớc tiểu 7 Âm tính Âm tính 20 DG20 Nƣớc tiểu 8 Âm tính Âm tính 21 DG21 Nƣớc tiểu 9 Âm tính Âm tính Escherichia coli 22 DG22 Máu Escherichia coli Acinetobacter baumannii 23 DG23 Máu Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae 24 DG24 Máu Klebsiella pneumoniae